Nuspojave omeprazola kreću se od blagih i uobičajenih do ozbiljnijih zdravstvenih problema. U nekim slučajevima, ove nuspojave mogu utjecati na druga već postojeća stanja. Manje pritužbe uključuju mučninu i bolove u trbuhu, sa simptomima kao što su oticanje usta i otežano disanje što ukazuje na teže reakcije na lijek. Omeprazol se obično koristi za liječenje kronične žgaravice i stanja refluksa kiseline. Kao i kod bilo koje vrste lijekova na recept, medicinska zajednica snažno savjetuje da pacijenti prijave svaku manju ili ozbiljnu komplikaciju uzimanja lijeka koja se pokaže dugotrajnom ili dosadnom.
Među najčešćim nuspojavama omeprazola, tipični su mučnina i bol u trbuhu. Mogu se pojaviti i druge vrste želučanih tegoba, osobito povraćanje i blagi grčevi. Neuobičajeni simptomi plinova također mogu postati problem za neke ljude koji su nedavno započeli ovu vrstu liječenja. Neki pacijenti kojima je propisan ovaj lijek za refluks kiseline prijavljuju manje probleme s glavoboljama koje se često javljaju. Većina medicinskih stručnjaka ne smatra ove simptome posebno opasnim, iako se preporučuje da se pacijent javi svom liječniku ako iritantni simptomi ne prođu sami od sebe u odgovarajućem vremenu.
Iako neuobičajene, umjerene nuspojave omeprazola također su prijavili pacijenti. Neki ljudi su iskusili reakcije na omeprazol koje su slične simptomima uobičajenih napada alergije kao što su osip na koži, koprivnjača i osjećaj stezanja u prsima. Ovi pacijenti također mogu primijetiti poteškoće s disanjem i oticanje usta, uključujući jezik i usne. Ostale manifestacije nuspojava su simptomi slični gripi kao što su groznica, zimica i grlobolja. Bolesnici koji iskuse ove nuspojave trebaju nazvati liječnika koji ga je propisao što je prije moguće za upute o tome hoće li nastaviti s uzimanjem lijeka ili ne.
U vrlo rijetkim okolnostima prijavljene su nevjerojatno ozbiljne nuspojave omeprazola, uključujući jake bolove u kostima, napadaje i neobjašnjive i neobične modrice i krvarenje. Neki pacijenti su također osjetili crvenu kožu i pojavu mjehura, ozbiljne promjene vida i izraziti umor tijekom uzimanja omeprazola. Želudac također može biti zahvaćen bolnim i kroničnim grčevima i proljevom. Dodatne ozbiljne reakcije su prisutnost abnormalno tamne mokraće, oticanje ruku i stopala, kao i naglo debljanje. Ove alergijske reakcije na lijekove upućuju na mogućnost problema s bubrezima i jetrom, te bi pacijent trebao obavijestiti svog liječnika i odmah potražiti liječničku pomoć ako se ti simptomi pojave.