Urođene mane od Agent Orange mogu uključivati defekte neuralne cijevi, rascjep usne i nepca, dodatne znamenke i intelektualne teškoće. Oni su uzrokovani dioksinom, jednim od ključnih sastojaka ove kemikalije. Velik dio istraživanja na ovu temu uključuje izvješća vijetnamskih veterana i Vijetnamskih ljudi koji su bili izloženi ovom defoliantu tijekom Vijetnamskog rata. Zrakoplovi su ispustili velike količine herbicida tijekom rata kako bi ograničili raspoloživi biljni pokrov za vijetnamske vojnike.
Kada se neuralna cijev, struktura koja nastaje rano u fetalnom razvoju, ne uspije pravilno formirati, rezultat je defekt neuralne cijevi. Stanja poput spina bifida i ancefalije, gdje se mozak ne uspijeva u potpunosti formirati, primjeri su ovih urođenih mana od Agent Orange. Druga djeca mogu imati intelektualne teškoće koje mogu uzrokovati različite stupnjeve oštećenja zbog abnormalnosti u mozgu. Rascjep usne i nepca također se može pojaviti kao posljedica problema s razvojem fetusa. Ova stanja mogu biti izazovna i teška za liječenje.
Neke urođene mane iz Agent Orangea uzrokuju kod pacijenata razvoj polidaktlije, gdje imaju dodatne prste na rukama i nogama. To se može izliječiti operacijom i možda neće uzrokovati trajne probleme. Hernije su također česte, a mogu se liječiti i kirurškim zahvatom. Pobačaj i mrtvorođenost također su potencijalne komplikacije izloženosti kemikalijama, uzrokovane urođenim manama koje su nespojive sa životom. Roditelji zabrinuti mogu zatražiti liječničku procjenu nakon lošeg ishoda trudnoće kako bi istražili moguće uzroke.
Istraživanje Agent Orange o urođenim manama pokazuje da se one mogu pojaviti kada je bilo koji od partnera izložen kemikaliji. Muškarci mogu imati problema sa svojom spermom nakon izlaganja i mogu nositi spermu s defektima nekoliko tjedana nakon izlaganja. Žene koje dođu u kontakt s Agent Orange tijekom trudnoće mogu imati djecu s urođenim manama, ovisno o vremenu i intenzitetu izloženosti. Ova kemikalija također može uzrokovati kronične zdravstvene probleme koji mogu doprinijeti urođenim manama.
Mnoge od ovih kongenitalnih abnormalnosti mogu se dijagnosticirati prenatalnim probirom, jer se mogu vidjeti na ultrazvuku. U nekim slučajevima, osobe s urođenim manama iz Agent Orangea mogu imati pravo na naknadu ili pomoć od strane vlade ili fonda za odštetu radnika, ovisno o okolnostima izloženosti. Roditelji djece s takvim urođenim manama mogu razgovarati o mogućnostima sa svojim liječnicima. Naknada im može pomoći da plate operaciju i druge potrebe za uzdržavanje djeteta, osobito ako se kompleksni invaliditet koji zahtijeva cjeloživotnu pomoć pojavi kao posljedica izloženosti Agent Orangeu.