Glavni zdravstveni problem povezan s guanom šišmiša je histoplazmoza. Ova bolest koja se prenosi zrakom potječe od gljivice koja živi u izmetu šišmiša. Može utjecati na dišni sustav svakog čovjeka koji udiše zrak koji mu je bio izložen. Tijelo je obično sposobno boriti se protiv ove bolesti, međutim, pojedincima s narušenim imunološkim sustavom mogu biti potrebni lijekovi za liječenje.
Šišmiši se često odlučuju za smještaj na tavanima i otvorenim rogovima domova i štala. Spavaju danju, love noću i mogu stvoriti opsežna gnijezda parenjem i rađanjem mladih nakon nekoliko sezona. Guano šišmiša koji ostavljaju za sobom, kako u gornjim dijelovima kuće tako i na tlu izvana, vrlo je otrovan za ljude ako se uznemirava.
Histoplazmoza može živjeti na vrhu guana šišmiša ili u tlu koje je bilo izloženo izmetu. Kada se guano na bilo koji način promućka, gljiva se brzo prenosi zrakom. Može cirkulirati u zrak koji se može disati kuće ili zgrade i zaraziti pluća svakog pojedinca koji ga udahne.
Bolest obično zahtijeva razdoblje od oko deset dana da proklija i počne pokazivati simptome. Oboljeli se obično žale na groznicu, bolove u prsima, kašalj, glavobolju i gubitak apetita. Imunološki sustav tijela općenito je sposoban boriti se protiv bolesti i doživjeti potpuni oporavak u roku od nekoliko tjedana. Oni s kompromitiranim imunološkim sustavom, kao što su pojedinci koji su već bolesni od druge bolesti ili su zaraženi AIDS-om, mogu zahtijevati liječenje uključujući lijekove i hospitalizaciju.
Mnoge zemlje, uključujući SAD, štite šišmiše kao ugroženu vrstu i ne dopuštaju da budu istrijebljeni tijekom procesa uklanjanja. Vlasnici kuća možda žele kontaktirati profesionalnog istrebljivača koji može u potpunosti ukloniti zarazu bez ubijanja životinja. Trebali bi odmah zatvoriti sve preostale otvore na tavanu doma ili rogovima nakon što se to završi kako bi spriječili povratak životinja. Neke od ovih usluga također naplaćuju naknadu za odvoz životinjskog otpada.
Guano šišmiša otrovan je samo ako ga se uznemirava, a sam će se bezopasno raspršiti u zrak ako ga ne dotakne nakon dvije do tri godine. Ako se zaraza dogodila u dijelu kuće koji se može zatvoriti od stanara, ili u rijetko korištenoj gospodarskoj zgradi, onda bi moglo biti korisno uopće ne uklanjati izmet. Većina slučajeva bolesti zbog izloženosti ovoj vrsti otpada javlja se nakon što je gnijezdo ili tlo u blizini gnijezda očišćeno i uklonjeno. Ako vlasnik kuće radije čisti područje, trebao bi nositi masku za lice koja može filtrirati čestice male od jednog milimikrona. Trebao bi upotrijebiti usisivač s visokoučinkovitim zračnim filterom kako bi uklonio otpad i odmah ga bacio u zatvorenu vreću za smeće.