Cijene turističkih agencija ovise o vrsti turističkih proizvoda koje prodaju, količini savjetovanja koje nude klijentima i njihovoj vlastitoj stručnosti. U situacijama kada putnička agencija klijentima prodaje putne proizvode koji plaćaju malo ili nimalo provizije, kao što su zrakoplovne karte, cijene se obično postavljaju kako bi se osiguralo da putnički agent bude pošteno nadoknađen za svoje vrijeme. Naknade i cijene za konzultantske usluge vjerojatnije će ovisiti o iskustvu koje putnički agent ima u pružanju turističkih usluga ili njegovom/njezinom poznavanju određene geografske regije ili vrste putovanja. Cijene putničkog agenta također se mogu odrediti u skladu s troškovima života u području gdje putnička agencija posluje.
Pojavom putničkih usluga temeljenih na Internetu, mnogi dobavljači putovanja kao što su zračni prijevoznici, hoteli i operateri paketa smanjili su ili eliminirali provizije plaćene putničkim savjetnicima i agentima. Kao rezultat toga, ovi stručnjaci za putovanja morali su uvesti cijene putničkih agencija kako bi ostali u poslu. U nekim slučajevima, te su stope na snazi kako bi se nadoknadile putničkoj agenciji koja svojim klijentima osigurava uslugu putovanja bez provizije ili nisku proviziju. Ove stope i naknade mogu se odreći u situacijama kada putnik kupuje druge putne proizvode koji agentu osiguravaju dovoljnu proviziju. Na primjer, ako klijent rezervira putovanje u inozemstvo i kupi zrakoplovnu kartu, paket aranžmana i usluge zemaljskog prijevoza, putnički agent može se odreći svoje standardne naknade za rezervaciju avio karte jer će dobiti veliku proviziju od drugih kupnji putovanja.
Neke cijene putničkih agencija namijenjene su kompenziranju iskusnim putničkim agentima za vrijeme koje su potrošili na istraživanje opcija putovanja i pružanje savjeta klijentima. Ove se cijene obično naplaćuju kao način zaštite putničkog agenta od trošenja vremena na savjetovanje potencijalnog klijenta o opcijama putovanja samo kako bi izgubio bilo kakve provizije kada klijent rezervira svoje putovanje izravno ili s drugom turističkom agencijom. Naknade se razlikuju ovisno o vrsti istraživanja koje će putnički agent obaviti u ime svog klijenta, kao i o tome mora li putnički agent ići na dodatne troškove u osiguravanju opcija putovanja kao što su međunarodni telefonski pozivi ili slanje faksova raznim dobavljačima putovanja . Kao i kod naknada za zrakoplovne karte, putnički agent ponekad odustaje od ovih naknada ako klijent obavi značajnu kupnju.