Kod primjene heparina iznimno je važno pravilno doziranje jer premalo neće imati dovoljan antikoagulantni učinak za zdravstveno stanje pacijenta, dok prevelika količina može uzrokovati krvarenje, što može rezultirati i smrću. Točna doza heparina ovisi o nekoliko čimbenika, uključujući tjelesnu težinu pacijenta, opće stanje i aktivno parcijalno tromboplastinsko vrijeme (aPTT), što je vrijeme u sekundama koje je potrebno krvi da se zgruša. Druge varijable tjelesne težine mogu se koristiti za izračunavanje doze heparina povezane s težinom, uključujući prilagodbe za pretile pacijente. Konačno, tijekom primjene, promjene stanja, prisutnost značajnog krvarenja i promjene hemodinamske stabilnosti mogu ukazivati na potrebu prilagođavanja doze heparina.
Otkako je heparin prvi put otkriven i postao široko korišten početkom 20. stoljeća, izražena su različita mišljenja o tome kako odrediti dozu. Liječnici su raspravljali o korištenju doziranja na temelju težine u odnosu na doziranje bez težine, a trenutno prevladava mišljenje u korist doziranja na temelju težine. Doziranje heparina bez težine ukazuje na početni bolus od 5,000 jedinica s infuzijama od 1,000 jedinica na sat.
Trenutne smjernice temeljene na težini ukazuju na početnu primjenu bolusa od 80 jedinica po kilogramu stvarne tjelesne težine (ABW) i infuziju održavanja od 18 jedinica po kilogramu ABW na sat kada je aPTT manji od 35 sekundi. Prilagodbe se vrše na temelju povremenih procjena aPPT-a, obično svakih šest sati. Procjena aPPT-a otkriva koliko dobro heparin djeluje u tijelu. Broj trombocita i kompletna krvna slika (CBC) također mogu pomoći u određivanju je li potrebna prilagodba doze heparina.
Drugi protokol doziranja heparina na temelju težine ponekad se koristi na temelju izračuna koji uključuje stvarnu tjelesnu težinu i nemasnu tjelesnu težinu u kilogramima. Izračunava se visina pacijenta u inčima. Šezdeset se oduzima od ukupnog broja. Odgovor se množi s 2.3 i zatim se dodaje 50 za muškarce, a 45 za žene. Odgovor je jednak pacijentovoj mršavoj tjelesnoj težini (LBW) u kilogramima.
Ako je ABW veći od 1.4 puta LBW, pacijent se smatra pretilim. Za povećanje volumena krvi pretilih pacijenata koristi se druga formula. U ovom slučaju, težina doziranja se izračunava uzimanjem razlike između ABW i LBW, množenjem rezultata s 0.4 i dodavanjem rezultata LBW. Neki liječnici ne koriste ovu formulu, navodeći da povećani volumen krvi u pretilih pacijenata ima minimalan učinak na dozu heparina.