Propisana doza sertralina uvelike ovisi o stanju koje se njime liječi, a doza se može povećati ako lijek nema značajan učinak. Za stanja kao što su depresija, opsesivno kompulzivni poremećaj (OCD) i predmenstrualni disforični poremećaj, preporučuje se doza od 50 miligrama (mg), a po potrebi je treba povećavati u koracima od 50 mg. Ako pacijenti uzimaju sertalin za panični poremećaj ili posttraumatski stresni poremećaj, preporučena početna doza je 25 mg na dan. Općenito, ne smije se uzimati više od 200 mg dnevno.
Sertralin se obično propisuje za depresiju i klasificira se kao selektivni inhibitor ponovne pohrane serotonina (SSRI) antidepresiv. Ovi lijekovi djeluju na povećanje količine serotonina u mozgu. Serotonin je kemijski neurotransmiter koji je odgovoran za prijenos signala između živaca u mozgu. Smatra se da su niske razine serotonina u mozgu povezane sa stanjima kao što su depresija, OKP, posttraumatski stresni poremećaj i alkoholizam. SSRI se stoga mogu koristiti za liječenje ovih stanja.
Preporučena doza sertralina određena je pacijentovim stanjem i njegovom odgovornošću na liječenje. Bolesnicima s depresijom savjetuje se početna doza od 50 mg. Ovo je najčešća upotreba sertralina, jer otprilike jedna od 10 osoba pati od depresije u nekom trenutku svog života. Doza sertralina za OKP je također 50 mg. OKP je stanje koje karakteriziraju kompulzije koje pacijent osjeća kao da ih mora slijediti, iako mogu biti nelogične ili nepotrebne prirode. Za oba ova stanja, ako doza od 50 mg sertralina na dan ne pomaže stanju, može se povećati za 50 mg svaki tjedan, do maksimalno 200 mg dnevno.
Predmenstrualni disforični poremećaj je teža verzija predmenstrualnog sindroma, s pacijentima se osjećaju depresivno, razdražljivo i napeto prije menstruacije. Ženama koje pate od ovog stanja savjetuje se uzimanje 50 mg dnevno, ili samo tijekom lutealne faze menstruacije. Ako se lijek uzima tijekom cijelog menstrualnog ciklusa, može se propisati samo u dozama do 150 mg na dan. Ako se uzima samo kroz luteinsku fazu, predlaže se maksimalna doza sertralina od 100 mg.
Socijalni anksiozni poremećaj i posttraumatski stresni poremećaj imaju preporučenu početnu dozu sertralina od 25 mg dnevno. Ako liječenje nije učinkovito nakon tjedan dana, može se povećati na 50 mg. Nakon toga, doza se može povećati na isti način kao i kod drugih stanja, u koracima od 50 mg jednom tjedno, do maksimalno 200 mg na dan.