Brojni čimbenici mogu igrati ulogu u plaći koju zarađuje biokemičar. Neki od ovih čimbenika može kontrolirati biokemičar, dok drugi mogu biti više podložni utjecajima cijele industrije koje biokemičar ne može kontrolirati. Raspon plaća biokemičara može se uvelike razlikovati i važno je uzeti u obzir utjecaje na plaću prilikom ocjenjivanja ponude za zapošljavanje kako bi se utvrdilo je li plaća razumna ili ne.
Jedan od najvećih faktora koji određuju plaću biokemičara je mjesto rada biokemičara. Različite nacije imaju radikalno različite plate i troškove života. Biokemičar koji radi u Britaniji, na primjer, vjerojatno će zaraditi više od biokemičara koji radi u Indiji, jednostavno zbog različitih troškova života. Isto tako, biokemičar koji radi za međunarodnu tvrtku može zarađivati više od jednog zaposlenog u domaćoj tvrtki. Bitna je i vrsta tvrtke u kojoj biokemičar radi. Farmaceutske tvrtke obično isplaćuju vrlo visoke plaće, dok državne agencije imaju manje raspoloživih sredstava za plaće.
Drugi faktor u plaći biokemičara je količina obuke koju je biokemičar imao. Što je viši fakultet, to je u pravilu veća plaća. Više iskustva kao radni biokemičar također može povećati plaću biokemičara, kao i posebne certifikate i obuke. Na primjer, biokemičar koji je radio u visokom i vrlo sigurnom laboratoriju smatrat će se privlačnijim kandidatom za posao od biokemičara koji nije, što znači da iskusniji biokemičar može zahtijevati i primati veću plaću.
Veličina tvrtke također može biti važna kada je riječ o plaći biokemičara, kao i priroda tvrtke. Neprofitne organizacije plaćaju manje, dok profitne organizacije plaćaju više. Djelomično je to zbog raspoloživih sredstava, a dijelom zbog prirode organizacije. Bitna je i vrsta posla koji se obavlja. Napredna istraživanja rezultirat će većom plaćom biokemičara, dok će se rutinska obrada laboratorijskog materijala isplatiti manje. Povijest objavljivanja u istraživačkim časopisima također će povećati plaću biokemičara, kao i sudjelovanje na konferencijama i drugim oblicima stručnog usavršavanja.
Važni su i nazivi poslova. Što je naziv radnog mjesta napredniji, to je veća plaća, čak i ako dvije osobe s različitim titulama obavljaju gotovo isti posao. To je jedan od razloga zašto su ljudi vrlo oprezni kada je u pitanju pregovaranje o nazivima poslova, obraćajući pažnju na druge nazive koji se koriste u tvrtki iu laboratoriju. Ugovorne obveze također mogu biti važne. Ako biokemičar potpiše ugovore koji ukazuju na to da će on ili on provesti dugo vremena s tvrtkom i da neće raditi za konkurentske tvrtke, tvrtka će platiti više, kao priznanje za visoku razinu predanosti zaposlenika.