Na razinu homocisteina u tijelu mogu utjecati mnogi različiti čimbenici, koji mogu biti vrlo važni, jer je poznato da su povećane razine povezane s povećanim rizikom od krvnih ugrušaka, srčanih i moždanih udara. Određeni genetski poremećaji mogu uzrokovati probleme s razgradnjom homocisteina, uzrokujući porast razine. Ljudi koji ne dobivaju dovoljno nekih vitamina B također mogu imati povišene razine. Nekoliko zdravstvenih stanja, uključujući bolesti štitnjače i bubrega, mogu utjecati na količinu aminokiselina, kao i neke vrste lijekova. Kod žena je dob često faktor, prvenstveno zato što promjena razine hormona može uzrokovati promjene u razini homocisteina.
Osobe s genetskim poremećajima zbog kojih molekule medijatora, koje pomažu razgradnji homocisteina, ne funkcioniraju ili nedostaju, općenito imaju povišene razine. Homocistinurija, ozbiljno stanje koje se obično dijagnosticira u djetinjstvu gdje molekule medijatora nisu prisutne, uzrokuje bezbroj problema povezanih s iznimno visokim razinama homocisteina u krvi. Blaže stanje je hiperhomocisteinemija, gdje su molekule medijatora prisutne, ali ne rade na optimalnim razinama.
B vitamini također igraju važnu ulogu u razinama homocisteina u osobi. Folna kiselina, vitamin B6 i vitamin B12 kritični su za razgradnju homocisteina, a njihov nedostatak uzrokuje porast razine. Oni koji ne unose dovoljno ovih vitamina u svoju prehranu možda će morati uzeti suplement ili jesti više hrane koja ih sadrži kako bi se razina homocisteina vratila na normalu.
Neki medicinski problemi mogu dovesti do povećanja razine homocisteina. Smanjena proizvodnja hormona štitnjače može uzrokovati problem, kao i bolest bubrega. Poremećaj kože psorijaza također može biti kriva.
Lijekovi također mogu uzrokovati fluktuacije u razinama homocisteina u tijelu osobe. Uzimanje kontracepcijskih pilula može pomoći u snižavanju razine, jer povećavaju razinu estrogena, za koji se čini da utječe na homocistein. Bolesnici koji uzimaju lijekove za epilepsiju mogu imati veće količine homocisteina. Drugi lijek koji može uzrokovati porast razine je metotreksat.
Žene mogu doživjeti promjenu razine homocisteina tijekom života zbog promjena u razinama estrogena. Trudnice često otkrivaju da im se razina smanjuje, jer imaju više estrogena nego inače. Starije žene koje su prošle kroz menopauzu, kada se razina estrogena prirodno smanji, obično vide kako njihov homocistein raste. Uzimanje dodataka estrogenu može pomoći u njihovom smanjenju.