U većini slučajeva, rok trajanja amoksicilina je između jedne i dvije godine. Neki čimbenici koji mogu utjecati na rok trajanja uključuju izlaganje svjetlu, toplini i vlazi. Amoksicilin koji dolazi u tekućem obliku, koji se također naziva amoksicilin oralna suspenzija, obično se mora čuvati u hladnjaku. Ako tekući amoksicilin nije u hladnjaku, to bi moglo negativno utjecati na rok trajanja. Općenito, cijeli sadržaj spremnika amoksicilina treba uzeti u roku od 10 dana nakon prepisivanja, ovisno o konkretnim uputama liječnika, a osoba koja razmišlja o uzimanju starog amoksicilina vjerojatno bi prije toga trebala pitati svog liječnika.
Većina lijekova, uključujući amoksicilin, označena je s rokom valjanosti koji tvrdi da je lijek dobar do godinu dana nakon što je propisan. Moguće je da je većina lijekova zapravo još uvijek sigurna za konzumiranje više od godinu dana nakon što su propisani, iako možda neće djelovati tako dobro kao kad su bili svježi. Smanjenje učinkovitosti barem je djelomično zbog vjerojatnosti da je u roku od godinu dana većina lijekova vjerojatno bila izložena nepovoljnim uvjetima koji bi mogli utjecati na njihov učinak. Izloženost svjetlu, toplini i vlazi s vremenom može uzrokovati da kemikalije u amoksicilinu i drugim lijekovima ne reagiraju na isti način kao što su izvorno, što znači da možda neće biti korisne u liječenju raznih bolesti.
Osoba koja želi osigurati da je njegov amoksicilin siguran za konzumaciju treba slijediti sve upute na spremniku u vezi s skladištenjem za produženi rok trajanja amoksicilina. Idealno mjesto za pohranu amoksicilina u obliku tableta radi zaštite od svjetlosti, topline ili vlage vjerojatno je unutar ormarića za lijekove. Mnogi ljudi stavljaju posude s tabletama amoksicilina u prozorske daske, ali to obično dovodi do prekomjerne izloženosti svjetlu i toplini. Pohranjivanje amoksicilina u kupaonici na radnoj površini, a ne unutar ormarića za lijekove znači da će amoksicilin vjerojatno doći u kontakt s previše vlage. Rok trajanja amoksicilina u tekućem obliku može biti nešto kraći od amoksicilina tablete jer se obično mora čuvati u hladnjaku, a tekući oblik vjerojatno neće dugo biti učinkovit ako se ne drži u hladnjaku.
Bez obzira na rok trajanja, važno je imati na umu da je amoksicilin antibiotik. Većina liječnika propisuje antibiotike osobama s posebnim uputama da ih uzimaju u cijelosti kako bi osigurali da infekcije za koje je amoksicilin propisan za liječenje nestanu. Osoba koja nije uspjela dovršiti ciklus amoksicilina i razmišlja o uzimanju preostalog lijeka za liječenje druge infekcije ne bi to trebala učiniti bez da pita svog liječnika. Ako je amoksicilin istekao, možda neće biti učinkovit kao kad je prvi put propisan. Amoksicilin koji nije dovoljno jak da ubije infekciju vjerojatno neće biti koristan, a izloženost slabom amoksicilinu zapravo može uzrokovati da bakterije u tijelu postanu jače i teže za liječenje.