Nekoliko čimbenika utječe na učinkovitost kondoma, posebno kako se i muški i ženski kondom nose i koriste. Starost i stanje kondoma također mogu ograničiti njegovu sposobnost sprječavanja spolno prenosivih bolesti (STD) i trudnoće. Ovi čimbenici mogu značajno povećati šanse za neželjenu trudnoću.
Istraživanja su pokazala da mnogi muškarci ne stavljaju kondom niti ga pravilno nose. Pregrubo ili naopako stavljanje muškog kondoma može ga potrgati ili oslabiti, smanjujući učinkovitost kondoma. Korištenje premalenog ili prevelikog kondoma također može ograničiti njegovu sposobnost sprječavanja trudnoće i spolno prenosivih bolesti. Kondom koji je previše čvrst ili stavljen bez dovoljno mjesta na vrhu može povećati rizik od kidanja ili loma; veća je vjerojatnost da će kondom koji je preveliki otpasti ili proliti. Iz tog razloga muškarci bi trebali kupiti i koristiti kondome odgovarajuće veličine i koristiti ih točno onako kako piše na pakiranju.
Ženski kondomi mogu imati slične probleme. Korištenje lošeg ženskog kondoma može uzrokovati njegovo pomicanje tijekom spolnog odnosa, povećavajući mogućnost trudnoće i šanse za dobivanje spolno prenosivih bolesti. Ženski se kondomi obično smatraju manje učinkovitim od muških za 5 do 10 posto.
Vjerojatno jedan od najvećih čimbenika koji utječu na učinkovitost kondoma je kada se taj predmet koristi. Kako bi ova vrsta kontracepcije pružila optimalnu zaštitu, treba je nositi prije svakog prodiranja i tijekom cijelog čina. Stavljanje kondoma nakon što je snošaj već započeo može uvelike povećati rizik od prenošenja ili zaraze spolno prenosivim bolestima i šanse za trudnoću.
I kod muških i kod ženskih vrsta, učinkovitost kondoma uvelike je određena kvalitetom kondoma. Svaki kondom dolazi s datumom isteka, otisnutim na kutiji i pakiranju svakog pojedinačnog kondoma. Korištenje starog kondoma može povećati vjerojatnost da pukne ili da se na njemu pojave suze ili rupe. Provjera datuma na pakiranju prije svake upotrebe može pomoći u otklanjanju ovog problema.
Čak i prije nego što kondom istekne rok trajanja, može se oštetiti. Kondome treba čuvati na hladnom i suhom mjestu unutar pakiranja do neposredno prije upotrebe. Držanje u novčaniku, torbici ili automobilu može ga izložiti visokim razinama topline i mogućim oštećenjima od drugih predmeta, smanjujući učinkovitost kondoma. Kondomi se nikada ne smiju izlagati izravnoj sunčevoj svjetlosti niti držati u blizini izvora topline, jer oni mogu oštetiti njihov integritet.
Prije uporabe kondom treba pregledati i koristiti ga samo jednom. Ako je kondom žut, puca ili suh, ne smije se koristiti. Istraživanja su pokazala da kada se muški kondom koristi savršeno, dvije od svakih 100 žena zatrudne. Kada se koristi pogrešno, ovaj broj skače na svakih 15 od 100 žena. Ženski kondom, kada se pravilno koristi, rezultira trudnoćom u pet od 100 žena; ako se koristi nepravilno, trudnoća rezultira 21 od svakih 100 žena.