Rizik od pobačaja nakon amniocenteze zapravo je tema rasprave u medicinskoj zajednici. Neke studije govore o jednoj na svakih 200 do 500 žena, dok druge sugeriraju da je rizik zapravo više kao jedna na svakih 1,600 žena. Ove vrlo različite procjene rizika rezultat su različitih metodologija istraživanja korištenih za istraživanje rizika od pobačaja nakon amniocenteze. Žene koje se pripremaju za ovaj prenatalni test trebaju pitati svoje liječnike o specifičnim čimbenicima rizika koji ga mogu učiniti opasnijim za njih, jer je svaka trudnoća drugačija.
U amniocentezi se uzima mali uzorak amnionske tekućine i analizira u laboratoriju. Ovaj test može identificirati određene genetske poremećaje ili rizik od genetskog poremećaja. Nije moguće pregledati sve i moguće je vratiti lažne pozitivne i negativne rezultate, ali test može dati više informacija o trudnoći i može se preporučiti određenim ženama.
Povijesno gledano, procjene o riziku od pobačaja nakon amniocenteze bile su visoke, oko jedan od svakih 200 testova. Kako je test postajao sve rašireniji i liječnici stekli više iskustva, ti su se rizici smanjili, a pojedini pružatelji usluga imali su nižu stopu pobačaja. Dodatni testovi koji su kontrolirali više čimbenika pokazali su da je rizik još manji.
Kada žena pobaci nakon amniocenteze, to ne mora nužno biti zbog testa. Neke žene su pod povećanim rizikom od pobačaja zbog čimbenika koji se odnose na njihovu trudnoću, kao što su dob ili genetska stanja fetusa. Budući da je veća vjerojatnost da će se tim ženama reći da rade testove na amniocentezu, moguće je da su rane procjene o pobačaju nakon amniocenteze bile zapravo umjetno visoke jer nisu uspjele na odgovarajući način objasniti druge moguće uzroke pobačaja ispitanika. Studija koju je proveo American College of Obstetrics and Gynecology 2007. godine pokazala je da je rizik od pobačaja jedan od 1,600, što je znatno niže nego što se prije vjerovalo.
Žene koje razmišljaju o amniocentezi i koje su zabrinute zbog rizika od pobačaja nakon amniocenteze mogu pitati postoje li posebne okolnosti u njihovoj trudnoći koje bi mogle povećati rizik od pobačaja. Možda će također željeti pitati svoje opstetričare o njihovoj razini iskustva s ovim testom. U konačnici, odluka da se ovaj test provede ili odustane je osobna. Za neke žene čak i mali rizik može biti previsok da bi se osjećale ugodno. Ne postoji zahtjev da ljudi apsolutno moraju proći ovaj prenatalni test i mogu postojati alternative.