Potencijalni nedostatak transparentnosti predstavlja rizik u financijskim institucijama. Velik dio globalnih tržišta kapitala u nekom trenutku kreće se kroz kanal financijskih institucija, uključujući investicijske banke i tvrtke za upravljanje novcem, kao što su hedge fondovi i investicijski fondovi. Veća regulacija u određenim džepovima financijskih usluga smanjuje razinu rizika kojem su banke i tržišta izložene. Ako je banka toliko velika i toliko utjecajna da bi njezino propadanje imalo valovit učinak na gospodarstvo, rizik u financijskim institucijama ove vrste je velik. Potencijalno dijeljenje osjetljivih informacija na neprikladan način još je jedan čimbenik rizika koji okružuje financijske tvrtke.
Financijske institucije stvaraju mnoge od sofisticiranih instrumenata koji se svakodnevno kupuju i prodaju na tržištima. Vrijednosnim papirima, kao što su kreditni derivati, često se trguje u pokušaju zaštite drugih izloženosti i zarade za banku, osim za klijente. S obzirom na to da banka može uložiti novac iz vlastite bilance kako bi povećala dobit koju ostvaruje u poduzeću, rizik u financijskim institucijama postaje veći zbog mogućnosti loših transakcija ili neočekivanih gubitaka. Ti nedostaci mogu potaknuti pad prihoda, što postaje očito u bilanci – što je odraz financijskog zdravlja institucije.
Drugi rizik u financijskim institucijama okružuje potencijal preklapanja unutar poduzeća. Neke su banke posebno toliko velike da se odvijaju različite funkcije, od financijske analize do aktivnosti investicijskog bankarstva. Etičke linije lako bi mogle postati zamagljene kada tvrtka ima koristi od klijenta na temelju načina na koji javni ulagači tretiraju dionice, na primjer. Regulativa i industrijske prakse, kao što je kineski zid, evoluirali su kako bi uzrokovali razdvajanje ovih uloga tako da postoji manja tendencija ili vjerojatnost da će se pojaviti bilo kakve nepravilnosti.
Postoje načini na koje financijske institucije mogu ublažiti rizik za tvrtku i šire gospodarstvo. Na primjer, neke su financijske institucije toliko velike i obavljaju tako velik opseg financijskih transakcija da bi svaki bankrot ili drugi propust mogao predstavljati sustavni rizik za gospodarstvo. Regionalna regulativa koja zahtijeva transparentnost u vrstama transakcija koje banke i druge financijske tvrtke obavljaju i korištenim strategijama promiče manji stupanj rizika. Također, što više rukovoditelji, kao što je glavni financijski direktor, i stručnjaci za rizik, poput glavnog službenika za usklađenost, komuniciraju i koordiniraju ciljeve, to je vjerojatnije da će se rizik u financijskim institucijama smanjiti.