Postupak za tonzilektomiju uključuje anesteziju pacijenta, umetanje cijevi za nosno disanje, otvaranje usta, uklanjanje krajnika i zaustavljanje krvarenja. Tonzilektomija je obično jednosatni ambulantni zahvat, a oporavak traje jedan do dva tjedna. Ovaj se postupak obično preporučuje kada česti upala krajnika uzrokuje apneju u snu ili otežano gutanje i disanje. Adenoidi se također ponekad uklanjaju tijekom tonzilektomije.
Prije početka zahvata za uklanjanje krajnika, pacijentu se daje sedativ kako bi se opustio. U ruku će se postaviti intravenski vod za davanje tekućine i antibiotika. Nakon u operacijskoj sali, kirurški zahvat za tonzilektomiju će započeti primjenom opće anestezije. Kako bi usta ostala čista za operaciju, cijev za disanje će se provući kroz nos, a zatim niz grlo. Usta će tada biti otvorena, jezik će se držati s puta i, ako je potrebno, stražnji dio grla će biti prekriven pamukom kako bi se skupila krv.
Postoji nekoliko metoda koje se mogu koristiti za uklanjanje krajnika. Krajnici se mogu odrezati oštricom skalpela, laserom ili mikrodebriderom, rotirajućim instrumentom za rezanje s usisom. Dvije nove tehnike koje se ponekad koriste ili razgrađuju tkivo krajnika koristeći radiofrekventnu energiju ili uništavaju tkivo krajnika električnom toplinskom sondom. Nakon što su krajnici uklonjeni, krvarenje će se zaustaviti kauterizacijom rane ili korištenjem sitnih šavova. Postupak uklanjanja krajnika obično traje oko jedan sat.
Nakon tonzilektomije, pacijent će biti smješten u sobu za oporavak dok anestezija ne prestane i dok se cijev za disanje ne može ukloniti. Većina tonzilektomija radi se kao ambulantni zahvat ili će zahtijevati samo jednu noć u bolnici. Nakon operacije, pacijent će dobiti upute da često pije, jede male količine mekane hrane, a po potrebi će dobiti lijekove protiv bolova. Neposredna bol će biti u grlu, čeljusti i vratu. Bol u grlu može potrajati jedan do dva tjedna.
Adenoidi su limfno tkivo koje se nalazi neposredno iznad krajnika i često se inficira zajedno s krajnicima. Kada se uz tonzilitis javlja čest i uporan adenoiditis, oni se također mogu ukloniti tijekom tonzilektomije. Kirurški postupak je isti za obje ekstrakcije, a dodatno uklanjanje adenoida obično samo produljuje operaciju za oko 30 minuta.