Tipični postupak cistoskopije radi se za pregled mokraćnog mjehura i kod muškaraca i kod žena. Radi se ambulantno, a većina ljudi se može vratiti kući u roku od jednog do četiri sata nakon završenog ispita. Anestetik se obično daje prije pregleda kako bi se uklonila svaka moguća bol ili nelagoda.
Prije zahvata, osoba će biti zamoljena da dođe sat vremena prije termina kako bi dala uzorak urina. Nakon dovođenja u sobu za pregled, pacijent će skinuti odjeću, navući platnenu ili papirnatu haljinu i ležati na stolu za pregled ili sa nogama u stremenima, ovisno o instrumentu koji se koristi. Urolog će zatim navući plahtu na donju polovicu pacijentovog tijela, očistiti genitalno područje, zamoliti pacijenta da se opusti, a zatim će primijeniti lokalnu, opću ili spinalnu anesteziju kako bi smanjio bol i nelagodu.
Tijekom postupka cistoskopije, urolog će u uretru umetnuti osvijetljeni cistoskop, koji je dugačak, tanak ručni instrument s ugrađenom lećom kamere koja može biti fleksibilna ili kruta. Kako instrument napreduje kroz mokraćnu cijev, može se osjetiti lagano peckanje ili peckanje. Ako je uretra preuska da bi cistoskop mogao putovati, niz malih kirurških alata može se umetnuti u šuplji prostor unutar cistoskopa kako bi se polagano proširio promjer uretre.
Urolog će nastaviti pomicati cistoskop dok ne dođe do mjehura. Sterilna tekućina se može polako dodavati u mjehur kroz šuplji prostor u cistoskopu. Dodavanje tekućine u mjehur uzrokovat će širenje zidova mjehura, što će urologu omogućiti da dobije jasan pogled na unutarnju strukturu organa. Povećani mjehur obično uzrokuje vrlo neugodan nagon za mokrenjem koji traje do kraja pregleda. Ako je zakazana biopsija ili uklanjanje stenta, urolog će to obaviti u ovom trenutku.
Nakon pregleda donjeg urinarnog trakta, urolog će nježno povući cistoskop iz uretre. Može doći do nelagode prilikom uklanjanja instrumenta. Područje genitalija se zatim briše od preostale tekućine ili maziva korištenog tijekom pregleda.
Ovisno o anestetiku koji se koristi tijekom postupka cistoskopije, vrijeme koje će pacijent trebati ostati radi promatranja nakon zahvata varira. Ako je korišten lokalni anestetik, pacijent će se moći obući i otići ubrzo nakon odijevanja. Kada se tijekom cistoskopije koristi opći ili spinalni anestetik, morat će ostati na promatranju jedan do četiri sata nakon pregleda. Još jedna osoba će morati biti dostupna da je odveze kući nakon opće ili spinalne anestezije.