Najvažniji dugoročni učinak metadona obično je smanjena žudnja za drogama kao što su heroin i morfij. Nažalost, međutim, neki od dugoročnih učinaka metadona daleko su manje ugodni. Na primjer, osoba može imati respiratorne probleme, kao što je neadekvatno disanje, kada uzima ovaj lijek tijekom duljeg vremenskog razdoblja. Isto tako, neki ljudi doživljavaju seksualne promjene i hormonske neravnoteže koje su povezane s upotrebom metadona. Ovisnost je također među dugoročnim učincima uzimanja metadona, a ljudi mogu imati simptome ustezanja kada ga prestanu uzimati.
Jedan od dugoročnih učinaka metadona je njegova sposobnost da pomogne ljudima u borbi protiv dodavanja droga. Ova se droga često koristi kako bi pomogla ljudima u prevladavanju žudnje za drugim drogama koje su kategorizirane kao opijati, a koji su narkotici dobiveni iz opijuma. Kako bi ovaj učinak bio uspješan, liječnik obično propisuje postupno povećavajuću dozu metadona i pažljivo prati pacijentove odgovore na nju, te se na kraju doza stabilizira. Ova metoda postupnog uvođenja u veće doze metadona koristi se za sprječavanje ili minimiziranje nuspojava lijeka. Na primjer, ovo postupno povećanje može pomoći u smanjenju vjerojatnosti da će lijek imati sedativni učinak na pacijenta; uzrokovati mučninu, povraćanje ili zatvor; ili utjecati na rad mozga pacijenta.
Većina ljudi koji uzimaju metadon nemaju ozbiljne zdravstvene probleme. U nekim slučajevima, međutim, osoba koja uzima ovaj lijek dulje vrijeme imat će probleme koji su povezani s dišnim sustavom. Ovaj lijek također može uzrokovati hormonalne promjene kod nekih pacijenata. Na primjer, ponekad se povezuje sa smanjenom proizvodnjom hormona testosterona. Neke žene koje ga uzimaju mogu imati i promijenjene menstrualne cikluse.
Kod nekih ljudi, dugoročni učinci metadona uključuju one koji su povezani sa spolnom funkcijom. Neki ljudi mogu osjetiti osjetno smanjenu želju za seksom kada ga uzimaju. Drugi mogu imati fizičke probleme koji ih sprječavaju da uživaju u zadovoljavajućem spolnom odnosu. Na primjer, muškarac može postati impotentan kao rezultat liječenja metadonom. Međutim, takvi problemi ne utječu na svaku osobu koja uzima ovaj lijek, a takve nuspojave mogu ovisiti o dozi koju pojedinac uzima.
Ovisnost je također među dugoročnim učincima uzimanja metadona. Iako se metadon koristi za smanjenje želje ovisnika za drugim drogama, on također stvara ovisnost. Ako osoba pokuša prestati uzimati metadon nakon duljeg razdoblja uporabe, vjerojatno će pati od simptoma ustezanja. Među tim simptomima su mučnina i povraćanje, zimica, žudnja za drogom i grčevi u mišićima.
Pojedinac također može osjetiti pretjerano znojenje i zimicu kao simptom odvikavanja od metadona. Iako su ovi simptomi neugodni, obično su manje izraženi od onih koji se mogu pojaviti kada se povuku iz droga kao što je heroin. Osim toga, postupno odvikavanje pacijenta od metadona može pomoći u smanjenju nuspojava ustezanja.