Potencijalni rizici bioprotetskog srčanog zaliska mogu uključivati mehaničku hemolitičku anemiju, zatajenje, endokarditis i odbacivanje. Također postoji potencijal za probleme zgrušavanja, iako je to češće kod mehaničkih ventila i može se adekvatno spriječiti antikoagulansnom terapijom kako bi se zaštitio pacijent. Ovi se rizici mogu razmotriti prije nego što pacijentu preporuči bioprotetski zalistak, koji bi možda želio razgovarati o dostupnim opcijama s liječnikom prije nego što odluči kako nastaviti sa zamjenom srčanog zaliska. Također je važno biti svjestan da je potrebno stalno praćenje kako bi se pratilo zdravlje srca i potvrdilo da uređaj radi.
Kod mehaničke hemolitičke anemije turbulencija u krvi uzrokovana bioprotetskim zaliskom uzrokuje uništavanje crvenih krvnih stanica. To može nadmašiti sposobnost tijela da proizvodi nove crvene krvne stanice, što s vremenom dovodi do ukupnog pada njihovih koncentracija. Bolesnici s hemolitičkom anemijom mogu osjetiti simptome kao što su umor i plavičastost ekstremiteta jer njihova tijela ne dobivaju dovoljno kisika. Test krvi može otkriti znakove da nema dovoljno crvenih krvnih stanica, a ako pacijent ima zamjenski srčani zalistak, to se može posumnjati kao krivac.
Otkazivanje ventila posebno je zabrinjavajuće kod bioprotetskog ventila jer su manje izdržljivi od svojih mehaničkih kolega. Tijekom vremena, svinjske, goveđe, konjske ili ljudske komponente ventila mogu se početi kvariti, čineći ga manje učinkovitim; za 10 do 15 godina pacijentu može trebati novi. Neki liječnici izbjegavaju bioprotetske srčane zaliske kod pacijenata mlađih od 65 godina na temelju toga da bi pacijent tijekom vremena mogao trebati više operacija kako bi zamijenio jedan ili više neispravnih uređaja, a to može predstavljati neprihvatljiv rizik.
Endokarditis je također potencijalni rizik, iako je mali, zahvaljujući čistoj proizvodnji i kirurškim tehnikama zajedno s drugim kontrolama dizajniranim da ograniče šanse za infekcije. Mehanički i bioprotetski zalisci imaju približno isti učinak kada su u pitanju šanse za razvoj endokarditisa. Pacijenti će možda morati poduzeti neke preventivne korake kao što je korištenje antibiotika prije stomatoloških zahvata kako bi se zaštitili od ove potencijalno opasne infekcije.
Konačno, postoji mogućnost odbacivanja s bioprotetskim ventilom, što je manji problem s mehaničkim opcijama jer su izrađene od biokompatibilnog materijala. Tijelo može prepoznati donatorski materijal kao prijetnju i početi ga napadati, uzrokujući otkaz ventila. Lijekovi se mogu koristiti za ograničavanje rizika od odbacivanja ili liječnik može razmisliti o preporuci autotransplantata, gdje se materijal za bioprotetski zalistak uzima izravno od pacijenta.