Izbor najboljih antibiotika za gonoreju može ovisiti o nekoliko čimbenika. To uključuje prethodni odgovor pojedinca na lijekove prve linije i vrstu gonoreje koja je prisutna. Također je važno ako su pojedinci istodobno zaraženi klamidijom, što nije osobito rijetko. U tim slučajevima možda će biti potrebno isprobati više od jednog antibiotika.
Od 2007. godine američki centri za kontrolu bolesti (CDC) objavili su jasne vodiče o tome kako odabrati najbolje antibiotike za gonoreju. Neposredno prije ove publikacije, studije su pokazale da je jedna uobičajena skupina antibakterijskih lijekova, nazvana florokinoloni, počela biti neučinkovita, a sojevi spolno prenosive bolesti pokazuju otpornost na nju. Kako se pokazalo, gonoreja se tako ponašala u prošlosti s drugim antibioticima. Obično neće reagirati ni na liječenje lijekovima poput penicilina ili tetraciklina.
CDC je izdao preporuke za najbolje lijekove za gonoreju na temelju ove novootkrivene rezistencije na florokinolone, sugerirajući da osobe s jednostavnim slučajevima gonorejske infekcije genitalija primaju jednu intramuskularnu injekciju ceftriaksona. Ovo je cefalosporinski lijek. Ceftriakson je također indiciran za liječenje gonoreje koja se javlja u grlu, koja se naziva faringealna gonoreja.
Ako je bolest komplicirana infekcijom klamidijom, obično se dodaje drugi oralni antibiotik i to može biti jedna od nekoliko vrsta, a može uključivati uobičajene lijekove kao što je Zithromax®. Postoji i nekoliko lijekova vrlo sličnih ceftriaksonu koji nisu dostupni u SAD-u, a mogli bi biti idealne zamjene. Dodatno, ako je gonoreja komplicirana infekcija, početnu injekciju mogu pratiti oralne doze antibiotika.
U nekim slučajevima ceftriakson predstavlja probleme. Budući da je to cefalosporin, neki ljudi su alergični na njega ako su alergični na penicilin. Mogućnost je tražiti sljedeće najbolje antibiotike za gonoreju. Umjesto njih mogu se koristiti lijekovi poput doksiciklina ili klaritromicina. Drugi pristup je korištenje desenzibilizacije na lijek prije davanja. U većini slučajeva to nije potrebno činiti, a drugi lijekovi će to adekvatno zamijeniti. Poznato je da će lijekovi kao što je Zithromax® liječiti nekompliciranu gonoreju, ali postoji zabrinutost da će sojevi gonoreje u konačnici odoljeti i azitromicinu.
Potpuni pregled i povijest pacijentovih alergija na lijekove važni su kako bi se odabrali najbolji antibiotici za gonoreju. Liječnici koriste smjernice, ali donose odluke od slučaja do slučaja. Ove odluke možda nisu uvijek identične smjernicama. Nadalje, liječnici moraju nastaviti s procjenom oporavka pacijenta. Ponekad je potrebno dodatno liječenje čak i ako je primijenjen najbolji i najpreporučeniji tretman.