Iako postoje brojni antibiotici koji su dostupni za liječenje bakterijskih infekcija, određene vrste se smatraju najboljima za liječenje klamidije. Dva antibiotika prvog izbora za klamidiju koje propisuje većina liječnika su azitromicin i doksiciklin. Eritromicin, ofloksacin i levofloksacin su svi lijekovi koji se također mogu prepisivati, a amoksicilin se ponekad koristi za liječenje trudnica. Svaki lijek ima prednosti i nedostatke u pogledu režima doziranja, cijene i nuspojava.
Azitromicin se smatra jednim od dva najbolja antibiotika za liječenje klamidije. Vrlo je jednostavan za uzimanje, zahtijeva samo jednu dozu, a liječi bolest u 95% slučajeva. Osobe s kroničnim, ponavljajućim slučajevima klamidije rade osobito dobro kada se liječe ovim lijekom, a smatra se da je siguran za korištenje tijekom trudnoće. Nedostaci lijeka su što je skuplji od drugih tretmana i može uzrokovati mučninu ili povraćanje.
Drugi od najpoželjnijih antibiotika za klamidiju je doksiciklin. Ovaj lijek se koristi za liječenje klamidije dulje od bilo kojeg drugog i, poput azitromicina, ima 95% uspjeha kada se uzima pravilno. Međutim, doza je mnogo manje poželjna, jer se mora uzimati četiri puta dnevno tijekom sedam dana, zbog čega je vjerojatnije da pacijenti neće ispravno slijediti režim ili do kraja. Također može uzrokovati mučninu, povraćanje i gljivične infekcije kod žena, te se ne smije uzimati tijekom trudnoće ili dojenja. Jedna prednost koju ima je ta što je jeftiniji od azitromicina.
Postoji nekoliko drugih lijekova koji se mogu propisati kao antibiotici za klamidiju za koje se zna da su učinkoviti u liječenju bolesti. Ofloksacin i levofloksacin, dva slična lijeka, imaju stope izlječenja usporedive s azitromicinom i doksiciklinom, ali koštaju više i zahtijevaju sedmodnevne režime doziranja, kao i uzrokuju rizik od oštećenja tetiva tijekom primjene. Stoga imaju malu prednost u odnosu na te druge lijekove. Eritromicin je druga opcija; jeftiniji je od ostalih tretmana, a trudnice ga mogu uzimati, ali je manje učinkovit od nekih drugih lijekova, mora se uzimati sedam dana i može uzrokovati jaku mučninu i povraćanje. Amoksicilin se također ponekad preporučuje za liječenje trudnica s klamidijom, iako njegova stopa izlječenja nije tako visoka kao azitromicin i također se mora uzimati sedam dana da bi bio učinkovit.