Najbolji načini pohranjivanja kutija obično ovise o vrsti kutija koje se pohranjuju, mjestu na koje se pohranjuju i jesu li napunjene tijekom skladištenja. Kartonske kutije obično je najbolje pohraniti tako da ih spljoštite, a zatim ih složite ili pohranite na bočne strane. Prilikom pohranjivanja kutija na otvorenom ili mjestu koje bi moglo biti osjetljivo na elemente, kao što je kiša, treba ih pohraniti na način koji ih štiti od oštećenja. Za spremanje punih kutija često je najbolje slagati kutije jednu na drugu na način da se spriječi oštećenje sadržaja.
Postoje različite metode koje se mogu koristiti za pohranu kutija, obično ovisno o materijalima od kojih su kutije izrađene. Kartonske kutije, na primjer, mogu se spljoštiti otvaranjem, što može zahtijevati prorezivanje trake. To uvelike olakšava pohranu i omogućuje da kutije zauzmu manje prostora dok su u pohrani. S druge strane, plastične kutije se često mogu jednostavno složiti. Neki sustavi za pohranu su dizajnirani s kutijama različitih veličina, u tom slučaju netko može pohraniti kutije jednu u drugu kako bi zahtijevao manje prostora.
Za pohranu kutija na otvorenom, kao što je šupa ili samostojeća garaža, često je najbolje razmotriti potencijalne izvore oštećenja. Kartonske kutije obično bi trebale biti pohranjene izvan zemlje; korištenje nekoliko drvenih dasaka za izradu podignute platforme može spriječiti oštećenje kutija od vode. Ovo je posebno važno kada netko želi pohraniti kutije na otvorenom u kojima se još uvijek nalaze predmeti.
Najbolji način za pohranu kutija koje se još uvijek koriste je obično slaganje kutija jedna na drugu. To obično treba učiniti s najvećim i najtežim kutijama na dnu, a sukcesivno lakšim i manjim kutijama na vrhu. Teže kutije na vrhu lakših kutija mogu dovesti do zgnječenja i oštećenja sadržaja lakše kutije, a veće kutije na vrhu manjih kutija mogu dovesti do prevrtanja hrpe. Plastične kutije često su dizajnirane s dnom koji se može lakše slagati na poklopce takvih kutija, čineći ove kutije ne samo izdržljivijim od kartona, već i lakšim za sigurno slaganje.