Moguća je pojava plijesni u područjima gdje su prisutni vlaga i izvor hrane. Metode koje se koriste za čišćenje plijesni ovise o nekoliko čimbenika, kao što su ozbiljnost i mjesto zaraze, dostupni alati i sredstva za čišćenje, vrsta površine na kojoj plijesan raste i koliko je osoba ugodna za čišćenje plijesni. Korištenje otopine deterdženta i vode ili izbjeljivača i vode za ribanje plijesni jedan je od načina čišćenja plijesni. Korištenje visokoenergetskog vakuumskog zraka (HEPA) za uklanjanje spora plijesni iz zraka je još jedan način čišćenja plijesni.
Plijesan koja raste na poroznim površinama poput stropnih pločica, tepiha ili suhozida obično se teško čisti. Čišćenje plijesni na ovim površinama praktički je nemoguće jer plijesan urasta u poroznu površinu. Uklanjanje plijesni i njezinih spora s ovih površina može biti teško, što zamjenu čini mnogo boljim načinom djelovanja.
Čišćenje plijesni općenito je učinkovitije ako plijesan raste na tvrdoj površini kao što su podne pločice, kadica od stakloplastike ili prozor. Za manje pljesnive mrlje, zahvaćeno područje treba poprskati otopinom pola blagog deterdženta bez amonijaka i pola vode, a zatim ribati dok plijesan ne nestane. Tada se područje treba potpuno osušiti. Korištenje odvlaživača zraka, ventilatora ili zraka iz otvorenog prozora može pomoći ubrzanju procesa sušenja.
Kada čistite plijesan na većem području, potrebno je poduzeti nekoliko dodatnih koraka radi sigurnosti i kako bi se osiguralo uklanjanje svih plijesni i spora plijesni. Područje treba što bolje zatvoriti plastičnom folijom zalijepljenom oko vrata i prozora. Za čišćenje kalupa mogla bi se koristiti otopina deterdženta i vode, a poželjnija bi bila otopina izbjeljivača i vode. Otopina izbjeljivača napravljena od osam unci (0.24 litre) izbjeljivača dodanog jednom galonu (3.8 litara) vode općenito dezinficira područje bolje od deterdženta i same vode.
Zahvaćena područja treba poprskati otopinom i obrisati. Ako se koristi izbjeljivač, otopinu treba ostaviti da odstoji 15 minuta. Nakon što su sva područja očišćena od vidljive plijesni i suha, spore treba ukloniti iz zraka u prostoriji pomoću HEPA usisavača. Nakon što su sve spore uklonjene iz zraka i plijesan je očišćena sa svih površina, prostorija je sigurno za ponovno otvaranje. Održavanje cirkulacije zraka kroz područje sklono plijesni moglo bi spriječiti budući rast.