Pravilno čišćenje proteza iznimno je važno, iako ne mora biti teško. Sprječavanje lomljenja također je od vitalnog značaja, stoga protezu uvijek treba čistiti iznad sudopera napunjenog vodom. Proteze treba temeljito isprati prije četkanja kako biste bili sigurni da su uklonjene sve labave čestice hrane. Sljedeći korak u čišćenju proteza uključuje korištenje meke četkice za zube i nježne paste za zube za njihovo četkanje. Tijekom spavanja, ili barem jedan sat dnevno, proteze treba namočiti u domaćoj ili komercijalno pripremljenoj otopini kako bi se uništile sve zaostale bakterije.
Prvi korak u čišćenju proteza je osigurati da zubi budu sigurni od loma. Proteze treba isprati i očistiti preko sudopera koji sadrži barem nekoliko centimetara vode. To pomaže u zaštiti od lomljenja u slučaju da padnu tijekom procesa čišćenja. Vruća voda može uzrokovati deformaciju ili iskrivljenje proteze, stoga se vruća voda nikada ne smije koristiti za ispiranje ili čišćenje.
Kada dođe vrijeme za četkanje proteza, treba koristiti odgovarajuće zalihe. Četkice za zube s mekim vlaknima koje su posebno izrađene za korištenje na protezama najsigurnije su vrste četkica za zube. Obična pasta za zube je previše abrazivna za korištenje na protezama, stoga treba koristiti pastu za zube stvorenu posebno za proteze. Proteze treba pažljivo isprati nakon četkanja kako biste bili sigurni da je sva pasta uklonjena.
Kako bi bili sigurni da su sve bakterije na protezama uništene, dio procesa čišćenja uključuje ih natapanje u otopinu koja će se riješiti štetnih bakterija. Komercijalni proizvodi rade jako dobro, ali postoje domaća rješenja za čišćenje koja mogu biti jeftinija, ali jednako dobro djeluju. Sva pitanja o vrstama rješenja koja su sigurna treba raspraviti sa stomatologom.
Jedno od najpopularnijih rješenja pri čišćenju proteza je kombinacija octa i vode. Samo nekoliko kapi octa može se dodati u vodu prije nego što se očišćena proteza stavi u otopinu na najmanje sat vremena. Umjesto octa može se koristiti soda bikarbona ili se proteze mogu natopiti vodikovim peroksidom. Smatra se da natapanje proteze u običnu vodu osam sati ili više uklanja i zaostale čestice i bakterije. Kako se proteze ne bi isušile, potrebno ih je uroniti u vodu ili drugu vrstu tekuće otopine svaki put kada se vade iz usta na dulje vrijeme.