Za razliku od cupcakesa, muffini su bliži kruhu jer mogu biti slani ili slatki, zahtijevaju manje šećera i obično sadrže manje brzih. Mnogi ljudi mogu imati muke da normalno naprave dobre domaće muffine jer slijede iste opće smjernice za pečenje cupcakesa. Najbolji savjeti za pravljenje muffina su ne miješanje sastojaka i korištenje samo svježih proizvoda. Također je važno osigurati da muffini pravilno narastu koristeći jednake mjere i pazite na neravnomjerno pečenje.
Prilikom izrade domaćih muffina važno je pravilno izmiješati sastojke kako ne bi došlo do suhe, teške ili grube teksture. Obično se mokri sastojci miješaju odvojeno od suhih prije nego što se konačno pomiješaju. Mnogi pekari predlažu miješanje sastojaka ručno kako bi se izbjeglo prekomjerno miješanje. Cilj je obično imati grudasto tijesto gdje su suhi sastojci samo navlaženi. Tako bi se trebali stvoriti lagani i pahuljasti muffini koji se dobro dižu.
Iako je način miješanja važan, kvaliteta sastojaka je također ključna. Neki ljudi predlažu korištenje mokrih sastojaka na sobnoj temperaturi kako bi se omogućilo bolje miješanje i brže pečenje. Poželjni su i svježi sastojci, posebno svježa soda bikarbona i prašak za pecivo jer to pomaže da se muffini dižu više. Dodane sastojke, poput orašastih plodova i suhog voća, također je potrebno premazati brašnom prije dodavanja u tijesto jer to može spriječiti da tijekom pečenja potone na dno domaćih muffina. Oni se također mogu staviti na vrh tijesta neposredno prije stavljanja smjese u pećnicu.
Neki ljudi mogu misliti da će čaše koje su više napunjene mješavinom za muffine rezultirati većim vrhovima na domaćim muffinima; međutim, to zapravo može rezultirati ravnim vrhovima koji se prelijevaju po tavi. To je zato što u čašama nema dovoljno mjesta da se tijesto u potpunosti digne i razmuti. Umjesto toga, šalice bi trebale biti napunjene otprilike dvije trećine do tri četvrtine. Kako bi se osigurala odgovarajuća količina tijesta u svakoj šalici, može se koristiti žlica za sladoled ili kutlača za juhu. Podmazanje dna čaša i polovice stranica također može pomoći u stvaranju većih vrhova za muffine.
Važno je paziti da se domaći muffini ravnomjerno peku. Prvi način da to učinite obično je da provjerite je li pećnica potpuno zagrijana. Mnogi ljudi također predlažu dodavanje vode u sve prazne šalice prije stavljanja pleha u pećnicu. To omogućuje ravnomjernu raspodjelu topline i može čak spriječiti deformaciju posude. Neki pekari čak predlažu da se tava stavi na lim za pečenje kako bi spriječili da se dno muffina prepeče.