Postoji mnogo metoda koje se mogu koristiti za izradu prototipa aplikacije, iako nekoliko savjeta može pomoći da se opći proces olakša. Jedan od najvažnijih aspekata koji su uključeni u izradu prototipne aplikacije je zadržati fokus na činjenici da je program samo prototip, bez obzira na to koju metodologiju slijedi, jer se može lako zaboraviti i izgubiti vrijeme i trud kodiranja elemenata koji možda se nikada neće koristiti. Tijekom procesa razvoja prototipa, korištenje svih dostupnih knjižnica i alata za brzi razvoj može drastično smanjiti količinu vremena potrebnog za funkcionalnu aplikaciju. U nekim situacijama može biti učinkovitije stvoriti prototip unutar drugog programa, kao što je proračunska tablica sa sposobnošću skriptiranja, tako da se glavne značajke i dizajn sučelja ili sustava mogu prikazati bez potrebe za izgradnjom privremenog okvira za stvarnu aplikaciju .
Uobičajena zamka na koju se može susresti tijekom razvoja i usavršavanja prototipa aplikacije je gubljenje iz vida činjenice da je program samo prototip. Klase u prototipu ne moraju biti proširive ili generičke i, uglavnom, programiranje može biti vrlo ležerno bez optimizacije za učinkovitost, čitljivost ili korištenje memorije. U mnogim slučajevima, prototip će biti zbrinut kada se stvarni proizvod počne kodirati, pa su značajke kao što su razrađeni učitači, podrška za prošireni unos, pa čak i provjera grešaka nepotrebne. Još jedan aspekt je da će se prototip aplikacije obično izvoditi pod kontroliranim okolnostima, tako da dinamički izgledi za različite veličine zaslona ili razlučivosti također obično nisu potrebni.
Prototip aplikacije vjerojatno će biti zbrinut ili potpuno ponovno napisan nakon promjena i odobrenja od strane klijenta, pa je korištenje alata koji pomažu u ubrzavanju razvoja način za brzi razvoj aplikacije. To može uključivati knjižnice s funkcijama visoke razine za elemente grafičkog korisničkog sučelja (GUI), pa čak i vizualne jezike visoke razine koji omogućuju umetanje elemenata sa samo nekoliko redaka koda. Programiranje niske razine, čak i ako je to ono što će konačna aplikacija koristiti, treba izbjegavati zbog velike količine programiranja i troškova dizajna potrebnih za neke inače jednostavne zadatke.
Neki specifični alati koji mogu pomoći u implementaciji prototipne aplikacije su GUI graditelji koji su vizualno utemeljeni, automatski generatori koda, pa čak i postojeći prototipni programi za složenije entitete kao što je poslužitelj standardnog jezika upita (SQL). U slučaju da će konačna aplikacija koristiti elemente koji su većinom nevizualni i ne uključuju veliku interakciju korisnika, korištenjem programa kao što je dizajner prezentacije ili slajdova, program za proračunske tablice ili čak samo papirnati maketa aplikacija može biti prikladna. Korištenje alata koji zahtijevaju vrlo malo kodiranja i planiranja za razvoj aplikacije prototipa pomaže u brzom unosu promjena kada se to zatraži i može skratiti vrijeme provedeno u fazi razvoja prototipa.