Postoji nekoliko stvari koje bi ljudi trebali imati na umu kako bi mogli pravilno vidjeti uzorke i stakalca pod složenim mikroskopom. Prvo, sam mikroskop treba pravilno zbrinuti kako se leća i pomični dijelovi ne bi oštetili. Razumijevanje kako mikroskop radi i znati koji gumbi kontroliraju koje dijelove mikroskopa također je važno u korištenju složenog mikroskopa kako bi korisnik mogao bez problema podesiti fokus i dijapozitiv.
Prvi korak u pravilnoj upotrebi složenog mikroskopa je postavljanje mikroskopa na čvrsti stol ili pult. Ako stol vibrira dok korisnik gleda kroz mikroskop, na stakalcu će se biti teško pravilno fokusirati. Nakon što je mikroskop na mjestu, stakalce se mogu staviti na pozornicu i leća na mjesto. Prilikom prvog pregleda stakalca puno je lakše započeti s lećom koja ima najmanje povećanje, tako da se uzorak može centrirati prije nego što se koristi veće povećanje.
Još jedan savjet za korištenje složenog mikroskopa je podešavanje izvora svjetlosti, ako je moguće, tako da bude svijetao, ali ne tako svijetao da povrijedi oči korisnika. Što je svjetliji izvor svjetla, lakše je gledati slajd. Dobra je ideja steći naviku držati oba oka otvorena kada gledate u složeni mikroskop, čak i ako postoji samo jedan okular da se oči ne naprežu.
Prilikom fokusiranja složenog mikroskopa, grubo fokus treba podesiti prije finog fokusa. Grubi fokus značajno pomiče pozornicu gore-dolje, dok je fini fokus pomiče samo malo. Prilikom podešavanja visine pozornice, korisnik treba paziti da ne dopusti da klizač dođe u kontakt s lećom. U pravilnoj upotrebi složenog mikroskopa, uzorak se stavlja u fokus na najmanjem povećanju i prije nego što se koristi veće povećanje.
Znati što svaki od dijelova mikroskopa radi također je važno u korištenju složenog mikroskopa. Korisnik koji na dodir zna gdje pronaći gumbe za grubo i fino fokusiranje, moći će izvršiti prilagodbe bez gubljenja uzorka iz vida, što je važna vještina pri promatranju živih ili pokretnih organizama. Također je važno razumjeti kako pomicati stakalce ako ga treba podesiti jer je slika koja se vidi kroz mikroskop i obrnuto i naopako.