Kuhanje kus-kusa može biti jednostavan proces koji može imati velike koristi ako imate na umu nekoliko savjeta. Mnogi se kuhari slažu da je kuhanje kus-kusa na pari bolje od kuhanja u vodi poput riže. Poznavanje vrste kus-kusa koji se kuha je još jedan važan element, jer neke vrste – poput izraelskog kus-kusa – imaju malo drugačije upute za kuhanje. Također je važno razumjeti da kus-kus ima vrlo slab okus, tako da saznanje kako i s čime će se jesti može diktirati sve dodatne sastojke koji se mogu dodati.
Kuhanje na pari bio je prvi način kuhanja kus-kusa, a i dalje je najučinkovitiji način kuhanja kus-kusa. Proces kuhanja na pari traje više vremena od ostalih metoda, ali rezultira kus-kusom s pahuljastom teksturom i većim volumenom. Tekućina za kuhanje koja se koristi pri kuhanju na pari ne mora biti voda. Zamjena vode temeljcem ili mješavinom vode i vina može dodati temeljni okus žitaricama koje mogu nadopuniti glavno jelo.
Vrsta kus-kusa može utjecati na način na koji se kuha i koliko dugo. Glavna razlika je veličina zrna. Sitna žitarica, poput onih u marokanskom kus-kusu, mogu se prilično brzo kuhati na pari. Kuhanje kus-kusa velikih zrna, kao što je libanonska sorta, moglo bi zahtijevati tehniku koja je sličnija kuhanju rižota. Sve se sorte mogu staviti izravno u tekućinu i kuhati, bez obzira na veličinu, ali će veća zrna dugo kuhati na pari i mogu postati poput paste.
Okus kus-kusa nakon kuhanja je suptilan. To može biti prednost, jer se tijekom kuhanja kus-kusa mogu dodati i drugi sastojci kako bi se utjecalo na konačni okus. Popularni dodaci uključuju pinjole, maslac i svježe nasjeckano začinsko bilje. Drugi način za dodavanje okusa je stavljanje začina, povrća i druge hrane u tekućinu koja se kuha na pari. Dodavanje luka, štapića cimeta ili čak komadića mesa u tekućinu dat će bogatiji okus.
Kada kuhate kus-kus izravno u vodi ili temeljcu, najbolje ga je tretirati kao rižu. To posebno vrijedi za instant kus-kus. Treba dodati dovoljno kipuće tekućine da pokrije zrna; vodu treba vratiti do vrenja i, s isključenom ili uključenom vatru na najnižu postavku, poklopljeni lonac treba ostaviti na štednjaku do kraja. Osim ako su zrna velika, metode poput dodavanja tekućine i stalnog miješanja dok se kus-kus ne skuha, uzrokovat će da zrna budu ljepljiva i teška umjesto lagana i pahuljasta. Dodavanje previše tekućine može se popraviti tako da se višak ocijedi iz posude, a zatim polagano zagrijava kus-kus i miješa dok se ne osuši do prihvatljive konzistencije.