Tradicionalni pesto od bosiljka sadrži puno masnoće iz dodanog maslinovog ulja, sira i orašastih plodova. Iako su masti iz ulja i orašastih plodova nezasićene i općenito se smatraju zdravim za srce, kuhar će možda htjeti pripremiti zdrav pesto s manje masti i kalorija tako što će izostaviti neke ili sve sastojke s visokim udjelom masti. Kuhar također može izostaviti sir ili zamijeniti verziju s manje masnoće za zdraviji pesto. Ako bosiljak nije dostupan, može ga zamijeniti drugim zelenilom, kao što je argula ili kelj.
Obično se pestu dodaju orašasti plodovi kao što su pinjoli ili orasi radi okusa i teksture. Orašasti plodovi jelu dodaju i masnoću i nešto proteina. Kako bi napravio zdrav pesto, kuhar će možda htjeti smanjiti količinu orašastih plodova dodanih u recept. Na primjer, ako recept zahtijeva 1/4 šalice (25 grama) pinjola, ona može smanjiti količinu na 2 žlice (12 grama). Orasi su bogati omega-3 masnim kiselinama, pa ih kuhar možda želi upotrijebiti umjesto pinjola.
Kako bi još više smanjili kalorije u zdravom pestu, kuhar će možda htjeti smanjiti količinu korištenog parmezana ili drugog tvrdog, jakog sira. Kuhar može učiniti pesto veganskim tako da parmezan zamijeni mekim ili svilenim tofuom. Uz malu količinu parmezana može koristiti i djelomično obran ricotta sir. Ricotta ili tofu dat će umak i povećanje proteina. Za okusniju verziju, može pokušati zamijeniti kozji sir za parmezan i maslinovo ulje.
Ulje u mnogim receptima za pesto također se može smanjiti do pola kako bi se smanjile kalorije i masnoće. Kako bi nadoknadio smanjenje ulja, kuhar će morati dodati još jednu tekućinu. Za razrjeđivanje pesta može se koristiti voda. Limunov sok će umaku dodati malo pikantnosti. Ako smanjite količinu maslinovog ulja, kuharica bi trebala koristiti najbolje ulje koje može pronaći kako bi se pobrinula da njegov okus sjaji.
Zdrav pesto nije ograničen samo na listove bosiljka. Neki kuhari zamjenjuju bosiljak peršinom, osobito u zimskim mjesecima kada svježi bosiljak možda neće biti dostupan. Druga mogućnost je korištenje rikole, koja pestu daje papreni okus. Za više hranjivih tvari, kuhar može uz bosiljak u pesto dodati i šaku kelja.