Jedan od najboljih savjeta za pravljenje miso juhe, osnovne namirnice u japanskoj kuhinji, je da napravite domaći temeljac. Ako to nije moguće, mogu se upotrijebiti dashi granule, iako se instant dashi prah ili konzervirani temeljac treba izbjegavati zbog razine soli. Također je važno odabrati pravu vrstu misa, fermentiranog proizvoda od soje, za juhu, jer okus može drastično promijeniti okus jela. Bez obzira koji se sastojci koriste u juhi, važno je dodati miso pastu neposredno prije posluživanja, pazeći da ne proključa.
Dashi je japanski temeljac za kuhanje koji se koristi u brojnim jelima. To je baza miso juhe i može napraviti razliku između izvrsne, grijuće ugodne hrane i jela sličnog onom koji se prodaje u trgovini. U većini japanskih kućanstava, zalihe dashija se proizvode u velikim serijama i zamrzavaju za buduću upotrebu. Najosnovniji oblik dashija napravljen je od kombua, što je sušena morska alga, i pahuljica sušene, dimljene palamide, vrste tune. Namočeni kombu prokuha se u velikom loncu vode, a zatim se dodaju palamidine pahuljice.
Ako nije moguće napraviti domaći dashi, dashi granule se prodaju u trgovinama u Aziji i na azijskim tržištima diljem svijeta. Kvalitetne dashi granule obično dobro funkcioniraju za miso juhu, iako se ipak preferira domaći temeljac. Treba izbjegavati prašak ili temeljac iz konzerve, jer oni obično nemaju okus i mogu biti bogati soli. Kako je miso već prirodno slan, slani temeljac dashija mogao bi učiniti juhu previše začinjenom.
Bilo koja vrsta miso paste može se koristiti u miso juhi, iako će svaka dati različite rezultate. Crveni miso je jedna od varijanti najjačeg okusa i obično ne funkcionira dobro za juhe koje bi trebale biti lagane; međutim, ako će se miso juha poslužiti kao glavno jelo, crvena može dobro funkcionirati. Bijeli miso je nešto slađi i manje jak od crvenog, te je najpopularnija opcija za standardnu miso juhu u Japanu. Za one kojima je teško birati između to dvoje ili koji žele koristiti miso pastu za druga jela, miješani miso je dobra opcija. Mješavina bijelog i crvenog misa, daje dobar, jak okus za juhu, a da pritom nije pretjeran; ova vrsta paste se u Japanu smatra višenamjenskim misom.
U miso juhu se može dodati gotovo bilo koje povrće, začini ili sastojci. To je obično prepušteno nahođenju i preferencijama kuhara. Bez obzira koji se dodaci dashi temeljcu, najvažniji savjet za pripremu miso juhe je dodati pastu na samom kraju kuhanja. Nakon što se miso umiješa, juha ne smije prokuhati, jer to može pokvariti okus miso paste, glavnog sastojka ove japanske juhe.