Kako bi se rizik od prenošenja bolesti sveo na najmanju moguću mjeru, štrcaljku treba upotrijebiti samo jednom, a zatim sterilizirati prije ponovnog korištenja kako se mikrobi ili bolesti ne bi prenijeli između pacijenata. Špricu treba uroniti samo u jednu bočicu s lijekom, a zatim umetnuti u jednu osobu ili životinju prije nego što se rastavi i sterilizira. Najbolji način za sterilizaciju štrcaljke je izlaganje visokoj toplini, iako postoji niz kemikalija koje se mogu koristiti u sterilizaciji štrcaljke kada pristup odgovarajućoj opremi nije moguć.
Najbolji način za obavljanje sterilizacije štrcaljkom je korištenje strojeva poznatih kao autoklavi, koji se često nalaze u bolnicama i laboratorijima, gdje se koriste za sterilizaciju raznih vrsta opreme. Staklene šprice, koje se više rijetko koriste, mogu se staviti u ove strojeve i zagrijavati na temperaturu od 248 stupnjeva Fahrenheita (120 stupnjeva Celzija) 15 do 20 minuta. Plastične šprice mogu se oštetiti na ovoj vrućini i obično su dizajnirane za bacanje nakon jedne upotrebe. Igle koje se koriste za davanje injekcija mogu se staviti u ove strojeve za sterilizaciju i ponovno koristiti. Male liječničke ordinacije ili klinike koje nemaju vlastiti autoklav često će poslati svoje kontaminirane šprice na odgovarajuću sterilizaciju i odlaganje.
Temperatura u autoklavu postaje znatno viša od temperature kipuće vode. Čak i tako, kuhanje staklenih šprica jedan je od načina za sterilizaciju štrcaljki. Ova metoda nije tako učinkovita kao upotreba autoklava i može širiti bolest jer ne mora nužno ubiti sve spore. Ovu metodu treba koristiti samo u hitnim slučajevima. U vodu treba dodati malu količinu fenolnog alkohola kako bi se poboljšala sterilizacija. Nakon što voda proključa, staklenu špricu treba ostaviti unutra 15 do 20 minuta.
Plastične štrcaljke obično su dizajnirane za bacanje nakon jedne upotrebe. Unatoč tome, mogu se pojaviti situacije u kojima osoba treba ponovno upotrijebiti štrcaljku. Ako je to slučaj, najbolji savjeti za sterilizaciju štrcaljke uključuju ispiranje štrcaljke vodom i izbjeljivačem.
Kako bi se izvršila sterilizacija štrcaljke vodom i izbjeljivačem, špricu treba napuniti do pola smjesom i snažno protresti prije nego što iscuri tekućinu. Ovaj postupak treba ponavljati sve dok se u štrcaljci ne nađe trag krvi ili lijeka, prije nego što se nekoliko puta ispere čistom vodom. To neće eliminirati sve viruse, bakterije ili druge kontaminante i treba se izvesti samo u hitnim slučajevima kada sterilna štrcaljka nije dostupna.