Uklanjanje rootkita može biti težak i frustrirajući proces, iako postoji niz savjeta koji taj proces mogu malo olakšati. Određeni sigurnosni programi mogu prilično pouzdano otkriti i nositi se s rootkitovima koji mogu biti prisutni na računalu, iako svi sigurnosni i antivirusni programi to ne mogu učinkovito učiniti. Ručno uklanjanje rootkita može se učiniti, iako to može biti nepraktično za mnoge korisnike računala. Uklanjanje Rootkita potencijalno može zahtijevati da se zaraženi tvrdi disk potpuno ponovno formatira, a da se nakon toga ponovno instaliraju svi operativni sustavi (OS) na disku.
Rootkit je vrsta zlonamjernog softvera ili zlonamjernog softvera koji može dobiti pristup računalnom sustavu i biti instaliran na različitim razinama OS-a. Nakon što je rootkit na sustavu, obično radi na skrivanju drugih oblika zlonamjernog softvera, kao što su virusi ili crvi, ili kako bi neovlaštenim korisnicima omogućio pristup računalnom sustavu kroz stražnja vrata. Međutim, uklanjanje rootkita može biti vrlo teško zbog načina na koji rootkit djeluje na računalni sustav, pa čak ni otkrivanje postojećeg rootkita nije vjerojatno putem standardnih antivirusnih skeniranja. Najbolji i najlakši oblik uklanjanja rootkita je prevencija, obično korištenjem antivirusnog i drugog sigurnosnog softvera.
Međutim, nakon što je rootkit prisutan na računalnom sustavu, uklanjanje rootkita ponekad može biti potpomognuto sigurnosnim programom dizajniranim za uklanjanje rootkita. Mnogi sigurnosni paketi, kao što su antivirusni programi s drugim sigurnosnim značajkama, nemaju uslužne programe potrebne za uklanjanje rootkita, pa je često potreban specijalizirani softver. Ovaj softver obično se mora pokrenuti s pogona koji nije zaražen, kao što je kompaktni disk (CD) ili tvrdi disk univerzalne serijske sabirnice (USB). Čak i ova vrsta uklanjanja rootkita može propasti, međutim, ovisno o rootkitu i koliko je dobro zaštićen od sigurnosnog softvera.
Jedan od najučinkovitijih oblika uklanjanja rootkita, iako također prilično drastičan, je potpuno preformatiranje zaraženog tvrdog diska. To eliminira sve podatke koji se nalaze na disku, uključujući OS datoteke, sve programe instalirane na pogon, osobne datoteke koje je korisnik stvorio i upravljačke programe instalirane na tom tvrdom disku. Nakon što se tvrdi disk ponovno formatira, uklanjanje rootkita trebalo bi biti dovršeno, a OS i druge datoteke mogu se ponovno instalirati i postaviti na pogon. Oporavak datoteka sa zaraženog pogona može se obaviti prije ponovnog formatiranja, iako se to mora učiniti pažljivo kako se rootkit ne bi proširio na uređaj na koji se datoteke kopiraju.