Najčešće propisani antibiotici za infekciju zuba su obično penicilin i cefaleksin; međutim, ni jedno ni drugo nije prikladno za one koji su alergični na penicilin. Ljudima koji pate od takvih alergija obično se propisuje klindamicin. Tetraciklin i doksiciklin se ne smatraju učinkovitima kao klindamicin, ali se ponekad propisuju i onima koji su alergični na penicilin. Doze antibiotika obično se određuju ozbiljnošću infekcije i cjelokupnim zdravljem pacijenta.
Penicilin je vjerojatno najčešće propisivani antibiotik za infekcije zuba ili apscese. Mnoge infekcije zuba su bakterijske, a penicilin se smatra posebno učinkovitim u liječenju. Lijek djeluje na uništavanje bakterijske stanične stijenke, što otežava širenje i rast bakterija. Neke od nuspojava penicilina uključuju proljev i mučninu, dok alergija može uzrokovati osip, otežano disanje, au teškim slučajevima čak i smrt.
Cefaleksin je lijek koji je dio skupine antibiotika koji se nazivaju cefalosporini, a po mnogočemu su slični penicilinu. Neke od nuspojava cefaleksina uključuju povraćanje, proljev i glavobolju. Osim toga, cefaleksin je povezan s vaginitisom i oštećenjem jetre.
Klindamicin djeluje tako što zaustavlja rast bakterija. Obično se smatra jednim od učinkovitijih antibiotika za infekciju zuba i najčešći je izbor lijeka za one koji su alergični na penicilin. Nuspojave klindamicina uključuju žutilo kože, bolove u zglobovima te promjene u učestalosti i boji mokrenja. U rijetkim slučajevima može uzrokovati ozbiljnu, ponekad smrtonosnu vrstu proljeva koji se naziva proljev povezan s clostridium difficile. Ovaj lijek vjerojatno ne bi trebali uzimati oni koji pate od bolesti jetre ili trudnice.
U slučajevima teške infekcije ili apscesa, samo antibiotsko liječenje nije uvijek učinkovito. U nekim slučajevima, stomatolozi također mogu pokušati drenirati područje apscesa, što se obično radi tako da se napravi mali rez na zaraženom području, a zatim pomoću usisa ukloni gnoj. U mnogim slučajevima ovaj postupak može ubrzati proces ozdravljenja i smanjiti bol i oticanje.
Infekcije zuba ponekad mogu eskalirati u stanja opasne po život. Ako se ne liječi, infekcija u apscesiranom zubu može se proširiti na mozak ili druge vitalne organe. Osim toga, ponovljene infekcije ponekad mogu dovesti do trajnog oštećenja srca, jetre i drugih organa. Neka istraživanja pokazuju da ponovljeni slučajevi infekcije zuba također mogu potisnuti imunološki sustav.