Najčešći problemi financijskog računovodstva rijetko je teško izbjeći, ali ih je teško prevladati nakon što su stvoreni. Neadekvatno vođenje evidencije, lažno vođenje evidencije i nenadgledano upravljanje novčanim tokovima mogu dovesti do propasti poduzeća. I neadekvatno vođenje evidencije i lažno vođenje evidencije čine poslovne dokumente krajnje nepouzdanima, a pronalaženje i ispravljanje svih pogrešaka može biti dugotrajno i skupo. Ograničeni ili nikakav novčani tok, također poznat kao obrtni kapital, također može dovesti do ozbiljnih posljedica koje je najbolje izbjeći. Čak se i velika poduzeća mogu upropastiti nepravilnim financijskim računovodstvom, a u prošlosti jesu.
Među najčešćim financijskim računovodstvenim problemima je nepravilno vođenje evidencije. Bez potpune evidencije prihoda i potrošenog novca, financijsko izvješće je u najboljem slučaju nepouzdano. Ovo je možda najčešća pogreška male tvrtke. Neodgovarajuća ili nepotpuna evidencija o unosu i odlasku novca može dovesti do pogrešaka u porezu na dohodak i strogih državnih kazni — obično se primjenjuju godinama nakon toga. Većina tvrtki može imati koristi od redovitog pregleda njihove evidencije od strane neovisnog revizora, koji je računovođa bez povezanosti s poslovanjem i koji može osigurati da se evidencija pravilno vodi.
Tvrtka koja zanemaruje vođenje evidencije može lakše postati žrtva lažnih financijskih računovodstvenih problema. Ovaj problem može stvoriti zaposlenik koji prijavi lažnu prodaju kako bi uzeo robu poput darovnih kartica. Česta izvješća o lažnoj prodaji čine da se čini kao da posao raste, a zapravo gubi novac. Zaposlenici su sposobni ugroziti posao i na druge financijske načine, ali dobro vođenje evidencije svešće probleme na minimum, a lopova se može brže uhvatiti.
Ostala pitanja financijskog računovodstva uključuju loše upravljanje i analizu novčanih tokova. Iako se definicija novčanog toka razlikuje, općenito se odnosi na kretanje novca u ili iz poduzeća. Ponekad posao propadne isključivo zbog negativnog novčanog toka. Posao je dugoročno mogao biti profitabilan, ali nije mogao pokriti neposredne troškove kao što su plaće zaposlenika, potrebna oprema i državni porezi. Pomno praćenje novčanog toka ključno je za napredovanje novih i starih poduzeća.
Postoje brojni financijski računovodstveni problemi koji se mogu pojaviti, neki rjeđi od drugih. Nezavisni revizor može pružiti još jedan skup očiju kako bi osigurao da je sve dobro u financijskoj strani poslovanja. Ovi profesionalci se rutinski koriste za izbjegavanje velikih i malih katastrofa.