Većina pobačaja dolazi iz uzroka koji se ne mogu identificirati. Velik broj uzrokovan je kromosomskim abnormalnostima, hormonima i izborom načina života. Često postoje problemi s implantacijom, ili dob majke može biti faktor. Ponekad se kao uzrok navodi odbacivanje tkiva ili infekcija. Postoji mnogo razloga za pobačaj, i dok su kromosomske abnormalnosti vjerojatno najčešće, različite karakteristike roditelja djeteta mogu učiniti druge čimbenike vjerojatnijim.
Kromosomske abnormalnosti jedan su od najčešćih razloga pobačaja. Problemi s kromosomima su gotovo sasvim slučajni, iako geni roditelja mogu uzrokovati pobačaj. Mnogo je vjerojatnije da će gubitak fetusa biti uzrokovan neispravnim jajnim stanicama ili spermijom, što možda ne predstavlja cjelokupnu kvalitetu reproduktivnog potencijala roditelja. Ako se ponavljaju pobačaji, tada postaje vjerojatnije da genetski problem leži u jednom od roditelja.
Problemi sa zdravljem majke također su česti razlozi pobačaja. Nedostatak progesterona posebno je čest zdravstveni problem za majke koji ponekad rezultira spontanim pobačajem. Infekcija može uzrokovati pobačaj, ali to je problem koji se ponekad može izbjeći. Određene bolesti poput neliječenog dijabetesa ili sindroma policističnih jajnika dovode žene do većeg rizika od pobačaja, ali to nije osobito čest problem u populaciji jer se obično zna prije pokušaja trudnoće. Dob majke, iako nije zdravstveni problem, također je u korelaciji s većom stopom pobačaja.
Obično se stilovi života koji negativno utječu na fetus prekinuti nakon što se otkrije trudnoća, pa su problemi u ponašanju relativno rijetki razlozi za pobačaj. Žene koje se nastave baviti aktivnostima poput pušenja, prekomjernog pijenja i konzumiranja kofeina tijekom trudnoće mogu češće doživjeti pobačaje. Određeni lijekovi također mogu utjecati na trudnoću. Većina žena jako pazi na sigurnost fetusa, što čini sve češćim razlozima pobačaja.
Mnoge aktivnosti za koje se obično smatra da uzrokuju pobačaje zapravo su prilično sigurne. Žene mogu nastaviti raditi, vježbati i sudjelovati u spolnim odnosima bez ikakvog dodatnog rizika za fetus. Čak i razlozi poput traume majke vjerojatno neće uzrokovati pobačaj, budući da je u ranim fazama trudnoće fetus visoko zaštićen od strane majčinog tijela. Samo ozbiljne traume i ekstremne aktivnosti mogu uzrokovati pobačaj.
Iako su određeni razlozi pobačaja češći u svijetu, kada se gledaju određene skupine, različiti razlozi popnu se na vrh liste. Na primjer, među skupinama koje se obično bave rizičnim aktivnostima bez pristupa medicinskom liječenju, kao što su ovisnici o drogama, izbor načina života jedan je od češćih razloga za pobačaj. Zapravo, različite skupine imaju jako različite stope pobačaja, što majci može dati lažnu procjenu njezinog rizika. Ako roditelji osjećaju zabrinutost zbog mogućnosti pobačaja, savjetovanje s liječnikom obično može dati razumnu procjenu sigurnosti.