Oni s intolerancijom na gluten obično pokazuju nekoliko različitih simptoma, zbog čega je ključno da unose samo prehrambene proizvode bez glutena kako bi eliminirali problem. Neki od najčešćih simptoma netolerancije na gluten uključuju depresiju, razdražljivost, umor i nagle promjene tjelesne težine. Problemi s probavom također su česti među onima koji pate od ovog autoimunog poremećaja, uključujući bolove u želucu, nadutost, zatvor i grčeve. Konačno, česte infekcije mogu biti i znak netolerancije na gluten, jer je imunološki sustav obično ugrožen. Budući da mnogi od ovih simptoma mogu signalizirati različite poremećaje, intolerancija na gluten obično se dijagnosticira tek kada se gotovo svi uoče u pacijenta.
Jedan od najčešćih simptoma netolerancije na gluten zbog kojeg se ljudi mogu žaliti na ekstremni umor. To i ne čudi jer se na ovaj simptom najviše žale kada je u pitanju bilo kakva bolest, no intolerancija na gluten dolazi s nizom dodatnih znakova, poput depresije i razdražljivosti. Još jedan od najčešćih simptoma netolerancije na gluten je neobjašnjivo debljanje kada se pridržavate dijete koja sadrži hranu s glutenom, iako neki ljudi doživljavaju i nagli gubitak težine.
Neki od najčešće uočenih simptoma netolerancije na gluten odnose se na probavni sustav, što možda i ne čudi budući da je glavni krivac ovog poremećaja prehrambeni proizvod. Zatvor i naknadna nadutost obično se pojavljuju kod onih koji pate od osjetljivosti na gluten. S druge strane, proljev i bolovi u trbuhu također se često primjećuju kod osoba s intolerancijom na gluten. Neki ljudi mogu doživjeti proljev i zatvor naizmjeničnim danima, što dovodi do grčeva, bolova u želucu i opće nelagode.
Iako se nemogućnost suzbijanja mnogih infekcija može činiti nepovezanom s ovim medicinskim stanjem, zapravo se očekuje budući da netolerancija na gluten dovodi do uništenja sluznice tankog crijeva. Budući da se ovdje nalazi veći dio imunološkog sustava tijela, ne bi trebalo biti iznenađenje da su antitijela koja se inače bore protiv infekcije rijetka. Ovo ostavlja sluznicu, kao što su oči, usta, sinusi i vagina, na milost i nemilost patogenima, što često dovodi do čestih prehlada i infekcija koje zahvaćaju sinuse, rodnicu, oči i mokraćne puteve. Osim toga, dišni i probavni trakt također su uvelike pogođeni nedostatkom antitijela, što dovodi do čestih želučanih problema, uključujući čireve i crijevne smetnje. Drugi naizgled nepovezani simptomi intolerancije na gluten uključuju neplodnost kod muškaraca i žena, nedostatke vitamina, anemiju, netoleranciju na laktozu, glavobolje, promjene raspoloženja i bolove u kostima i zglobovima.