Neki od najčešćih uzroka nadutosti i proljeva uključuju gastrointestinalne bolesti uzrokovane virusima, bakterijama i parazitima. Osoba također može postati napuhana i patiti od proljeva jer ima dugotrajno stanje, kao što je sindrom iritabilnog crijeva ili Chrohnova bolest. U nekim slučajevima, osoba može čak patiti od ovih simptoma jer ne podnosi laktozu; je pojeo hranu koja se pokazala iritantnom za njegov probavni sustav; ili je uzeo lijekove zbog kojih je imao trbušne plinove i labav crijeva.
Jedan od najčešćih uzroka nadutosti i proljeva je akutna gastrointestinalna bolest. Akutna bolest je kratkotrajna, pa osoba s akutnom gastrointestinalnom bolešću može biti napuhana i imati rijetku stolicu samo nekoliko dana. Međutim, također je moguće da akutna gastrointestinalna bolest potraje nekoliko tjedana. Ova vrsta bolesti može biti uzrokovana nizom virusa, bakterija ili parazita i često se naziva želučanom virusom.
Ponekad je uzrok nadutosti i proljeva dugotrajno stanje koje se često naziva kroničnom. Jedna vrsta kroničnog stanja koje osoba može razviti zove se sindrom iritabilnog crijeva. Obilježavaju ga grčevi u trbuhu, nadutost, proljev i odlazak plinova. Crohnova bolest može uzrokovati da osoba pati ne samo od nadutosti i proljeva, već i krvi u stolici, čireva u ustima i crijevnih čireva.
Pojedinac također može razviti nadutost i proljev jer ne podnosi laktozu ili uzima lijekove koji izazivaju proljev i plinove. Ako je osoba netolerantna na laktozu, ne može probaviti laktozu, vrstu prirodnog šećera koji se nalazi u mliječnim proizvodima. Kada konzumira mliječne proizvode, može razviti proljev, nadutost i mučninu. Osim toga, postoje neki lijekovi koji imaju nuspojavu proljeva i nadutosti.
U slučaju akutnog proljeva, osoba će ga možda morati pustiti da ide svojim tijekom, jer uzimanje lijekova za zaustavljanje može dopustiti da se virus, bakterija ili parazit koji su ga uzrokovali nagomilaju u tijelu. Kronična gastrointestinalna stanja, međutim, često se liječe lijekovima na recept i promjenama u prehrani. Osobe s intolerancijom na laktozu mogu uzimati suplemente koji im pomažu u probavi mliječnih proizvoda ili konzumirati posebne mliječne proizvode koji ne sadrže laktozu.