Uobičajeni uzroci neonatalne smrtnosti uključuju prijevremeni porod, kongenitalna stanja i infekcije. Točne stope razlikuju se od zemlje do zemlje. U zemljama u razvoju, problemi poput pothranjenosti i bolesti česti su uzroci neonatalne smrtnosti, dok su u razvijenim zemljama kongenitalna stanja i komplikacije povezane s prijevremenim porodom na vrhu statistike. Brojne organizacije, poput Svjetske zdravstvene organizacije, uključile su se u kampanje za smanjenje neonatalne smrtnosti koja se može spriječiti, kao i smrtnosti majki.
Izraz “neonatalni mortalitet” odnosi se na smrt dojenčadi unutar 28 dana od rođenja. Urođene mane su čest uzrok; u nekim slučajevima nisu identificirane prije poroda, au drugima se dijagnosticiraju i roditelji nastavljaju s trudnoćom svjesni rizika. Mnoge urođene mane mogu uzrokovati smrt ubrzo nakon rođenja jer ometaju ključne funkcije poput disanja. U tim slučajevima dojenčetu se može pružiti samo potporna njega. Ostale urođene mane se mogu liječiti, ali se ne mogu liječiti u regijama gdje je pristup zdravstvenoj skrbi ograničen, uzrokujući neonatalni mortalitet.
Prijevremeni porod je još jedan čest krivac. Dok se skrb za prijevremeno rođene bebe radikalno poboljšala u razvijenim zemljama, bebe rođene prerano još uvijek su izložene značajnom riziku od komplikacija poput infekcija i srčanih aritmija. U zemljama u kojima žene nemaju pristup visokokvalitetnoj bolničkoj skrbi tijekom prijevremenih poroda, šanse za preživljavanje dojenčadi radikalno se smanjuju. U nekim sredinama, osnovna njega kao što je održavanje dojenčeta toplim i dobro nahranjenim može biti jedina dostupna medicinska skrb.
Povijesno gledano, dehidracija kao posljedica proljeva bila je vrlo čest uzrok neonatalne smrtnosti u zemljama u razvoju. Napori međunarodnih zdravstvenih organizacija da educiraju roditelje o korištenju otopina za rehidraciju smanjili su ovaj uobičajeni čimbenik rizika. Dojenčad također može umrijeti od pothranjenosti, što je uobičajena briga tijekom gladi, i od infekcija poput upale pluća, jer su njihova tijela previše krhka da bi se borila protiv infekcije.
Drugi uzrok neonatalne smrtnosti je sindrom iznenadne smrti dojenčadi (SIDS). Ovo stanje se može promatrati u raznim okruženjima, od nacija u kojima je pristup zdravstvenoj skrbi izvrstan do udaljenih područja gdje se majkama i djeci pruža ograničena skrb. Uzroci SIDS-a nisu dobro shvaćeni, pa čak i kada roditelji slijede praktične savjete kao što je korištenje odobrene posteljine, to se još uvijek može dogoditi. Istraživanje kako bi se saznalo više o tome zašto i kako nastaje SIDS u tijeku je u mnogim zemljama kako bi se razvila bolja praksa za prevenciju i rješavanje problema.