Uzroci noćnih mučnina često su isti kao i oni koji pridonose mučnini tijekom dana. Neki od najčešćih uzroka noćne mučnine su stres, jutarnje mučnine, nuspojave lijekova te virusne ili bakterijske infekcije. Pojedinac također može osjetiti noćnu mučninu zbog žgaravice ili probavne smetnje. U nekim slučajevima osoba može osjećati mučninu i tijekom noći jer je pretjerala s alkoholnim pićem. Iako noćna mučnina ne mora biti razlog za uzbunu, osoba s upornom mučninom može potražiti savjet liječnika.
Stres je jedan od najčešćih uzroka noćnih mučnina. Tijekom dana, mnogi ljudi su previše zaposleni da bi primijetili učinke stresa i tjeskobe. Međutim, noću, kada su stvari mirne i imaju priliku odmoriti, neke ljude preplave brige i stres. To ne samo da može uzrokovati mučninu kod osobe, već joj može i otežati spavanje.
Jutarnja mučnina je još jedan čest uzrok noćne mučnine. Jutarnja mučnina, koju obilježavaju mučnina i povraćanje, čest je simptom rane trudnoće. Mnogi ljudi očekuju da će simptomi jutarnje mučnine biti mučni samo ujutro, ali su iznenađeni kad saznaju da mogu utjecati na trudnicu u bilo koje doba dana ili noći. Noću može biti čak i gore jer je želudac često prazan u ovo doba dana, što može pridonijeti osjećaju mučnine.
Gastrointestinalne bolesti koje se razvijaju zbog virusa i bakterija također mogu uzrokovati noćnu mučninu. Na primjer, osoba koja je zaražena želučanim virusom može osjetiti simptome noću. Međutim, takvi se simptomi mogu razviti u bilo koje doba dana ili noći. Noćna pojava mučnine može jednostavno biti povezana s time kada je osoba zaražena virusom. Ako se, na primjer, osoba tijekom dana zarazila virusom koji ima razdoblje inkubacije od osam sati, velike su šanse da će tijekom noći početi osjećati mučninu.
U nekim slučajevima, probavne smetnje i žgaravica mogu dovesti do mučnine noću. Pojedinac može, na primjer, za večerom pojesti nešto što mu uzrokuje želudac. U nekim slučajevima, simptomi se ne javljaju odmah, ali mogu dovesti do mučnine u nekom trenutku tijekom noći. Žgaravica, koju obilježava želučana kiselina koja prelazi u jednjak, također može uzrokovati mučninu noću. Zapravo, vjerojatnije je da će oni koji odu u krevet u roku od tri sata nakon jela doživjeti ovaj uzrok mučnine.
Pojedinac također može osjetiti noćnu mučninu nakon pretjeranog uživanja u alkoholnim pićima. U nekim slučajevima, osoba će početi osjećati mučninu ubrzo nakon prekomjernog pijenja. U drugim slučajevima, međutim, osoba može zaspati i kasnije se probuditi s osjećajem mučnine.