Čini se da je elektronička medicinska dokumentacija trenutni trend u zdravstvenoj skrbi i naći ćete mnoge liječnike, povezane zdravstvene djelatnike, farmaceute i bolnice koji koriste neki oblik elektroničkog snimanja podataka o pacijentima. Unatoč brojnim prednostima ujednačenijeg pristupa dokumentiranju medicinske skrbi i koordinaciji skrbi kada pacijenti posjećuju nekoliko stručnjaka, postoje neki nedostaci elektroničke medicinske dokumentacije. Kako pacijenti češće doživljavaju posjete liječniku s elektroničkim zdravstvenim kartonima (EHR), oni mogu odmah primijetiti neke nedostatke. Drugi problemi se javljaju “iza kulisa”, izvan pacijentovog nadzora.
Jedan od glavnih nedostataka elektroničke medicinske dokumentacije je to što su početni troškovi enormni. Ne samo da morate kupiti opremu za snimanje i pohranjivanje karata pacijenata (mnogo skuplje od papirnih i kartotečnih ormarića), već se moraju uložiti napori da se sve karte pretvore u elektronički oblik. Pacijenti su možda u prijelaznom stanju, gdje stari zapisi još nisu pretvoreni i liječnici to ne znaju uvijek. Nadalje, obuka o softveru za elektroničku medicinsku dokumentaciju dodaje dodatni trošak u plaćanju ljudima da pohađaju obuku i u plaćanju trenera koji podučavaju praktičare.
Unatoč obuci, većina ljudi koji stvaraju medicinske kartone sada su medicinske sestre, a često i liječnici. Nepoznavanje tehnologije, osobito kada se provodi EHR program, može značajno smanjiti vrijeme pacijenta dok se liječnik ili medicinska sestra bore s nepoznatom opremom. Mnogi pacijenti prijavljuju posjete liječnicima gdje liječnik mora preusmjeriti fokus na smišljanje kako unijeti stvari elektroničkim putem i tako ima manje vremena za pacijenta. Medicinska skrb u već prepunim uredima može kasniti kada tehnologija nije pouzdana. Zamrznuto računalo moglo bi ukrasti minute ili više od brige o pacijentu za taj dan. Također je još uvijek lako propustiti snimanje relevantnih pojedinosti ili upisati netočne podatke.
Uz smanjenje vremena liječnika/pacijenta, neki ljudi smatraju da su elektronički medicinski kartoni i njihovi popratni sustavi depersonalizirali posjete liječniku ili potrebne pozive liječničkoj ordinaciji. Protokol sustava može zahtijevati, na primjer, da se sva pitanja pacijenta e-poštom pošalju liječniku, čak i ako ih primi recepcionar i čak i ako liječnik prolazi pored tog recepcionara više puta dnevno. To može povećati vrijeme čekanja za povratne pozive ili e-poruke liječnika, osobito ako se e-poruke ne provjeravaju redovito.
Osim toga, ne postoji niti jedan elektronički sustav medicinske dokumentacije. Ima ih mnogo. Pojednostavljena skrb o pacijentima može se postići samo kada se koristi jedan sustav, budući da dva ili više sustava možda neće raditi zajedno. Ako bolnica koristi drugačiji EHR sustav od vašeg liječnika primarne zdravstvene zaštite, zdravstveni kartoni možda neće biti dostupni bolnici ili obrnuto od bolnice do liječnika. Elektronički medicinski kartoni mogu smanjiti uredsku papirologiju, ali možda neće koordinirati skrb između nekoliko liječnika, ljekarni i srodnih zdravstvenih radnika kao što obećavaju kada svaka grupa koristi različite sustave.
Konačno, neki su zabrinuti za sigurnost svoje medicinske dokumentacije, koja bi trebala biti potpuno povjerljiva. Hakeri bi u konačnici mogli prodrijeti u EHR unatoč sigurnosnim mjerama opreza, a zatim bi mogli odati povjerljive informacije drugima. Zbog toga su neki pacijenti zabrinuti koliko je njihova elektronička medicinska dokumentacija zapravo sigurna i povjerljiva.