Iako korištenje javnog prijevoza može biti odličan način za uštedu novca tijekom putovanja, ono također ima nekoliko nedostataka kojih bi putnici trebali biti svjesni. To uključuje moguće prijetnje osobnoj sigurnosti, nepravilnosti u rasporedu i činjenicu da u nekim zajednicama masovni prijevoz ima ograničenu pokrivenost i da je dostupan tijekom ograničenih sati. Putnici koji se planiraju oslanjati na javni prijevoz trebali bi odvojiti vrijeme da se upoznaju sa sustavima dostupnim na mjestima koja posjećuju kako bi izbjegli poteškoće i opasnosti. Istraga prije putovanja posebno je važna za osobe s invaliditetom, budući da su neki sustavi javnog prijevoza manje prilagođeni od drugih.
Putnici bi prvenstveno trebali uzeti u obzir mogu li doista doći do mjesta koja žele posjetiti javnim prijevozom. U nekim zajednicama rute mogu biti vrlo ograničene, što može biti veliki nedostatak za putnike koji nemaju alternativni način kretanja. Ako putnik posjeti mjesto gdje glavne atrakcije ili mogućnosti smještaja nisu u blizini ruta javnog prijevoza, možda će se morati raspitati o uslugama privatnog prijevoza, kao što su taksi. Još jedna stvar koju treba uzeti u obzir je da usluge javnog prijevoza ne rade uvijek tijekom večeri, praznika ili vikenda. Opet, ako putnik boravi u relativno udaljenom području, to može uzrokovati značajne poteškoće osim ako putnik ne može osigurati privatni prijevoz.
Za mnoge putnike najznačajniji nedostatak javnog prijevoza je mogućnost da budu napadnuti ili opljačkani. U situacijama kada putnici nisu upoznati s običajima ili jezikom određenog mjesta, mogu biti posebno osjetljivi na napade kriminalaca. Turisti bi možda željeli razgovarati s lokalnim vodičima ili zaposlenicima hotela o sigurnosti različitih opcija javnog prijevoza.
Iako je manje ozbiljan od deficita u pokrivenosti ili problema kriminala, nepouzdanost nekih sustava ostaje jedan od značajnijih nedostataka javnog prijevoza. Različite vrste javnog prijevoza podložne su neispravnoj opremi, kao i poremećajima u radu uzrokovanim hitnim slučajevima, pa čak i štrajkovima radnika. Ovi poremećaji mogu stvoriti probleme turistima koji su pomno planirali svoje dnevne aktivnosti, da bi otkrili da znatno kasne zbog izgradnje pruge ili vozila u kvaru. U nekim slučajevima putnici mogu izbjeći rute koje imaju problema provjeravanjem statusa različitih željezničkih linija i autobusnih ruta na kolodvorima ili online.