Virtualna stvarnost se svakodnevno koristi u brojnim područjima, od fizikalne terapije do zabave. Koliko god da su prednosti onoga što bi tehnologija jednog dana mogla postići, trebat će se razmotriti i nedostaci virtualne stvarnosti. Neki aspekti, kao što je tehnologija koja se koristi, predstavljaju značajne probleme programerima i uzrokuju ograničenja u pokušajima široke upotrebe i distribucije. Drugi problemi se odnose na softversku implementaciju virtualnih okruženja i ograničenja onoga što se može, a što ne može postići. Konačno, postoji zabrinutost oko društvenog utjecaja koji imerzivna okruženja može imati na ljude, kao i psiholoških učinaka produljene uporabe.
Jedan od najvećih nedostataka virtualne stvarnosti je taj što je tehnologija potrebna za impresivno ili prirodno iskustvo ostala nedostižna. Haptički sustavi koji daju fizičku povratnu informaciju ili omogućuju potpuno artikuliranu prisutnost u okruženju su nespretni i mogu uzrokovati probleme tijekom upotrebe. Vrsta hardvera koju čak i jednostavni zasloni montirani na glavu koriste može slomiti osjećaj uronjenja jer je potrebno izvršiti prilagodbe uređaja, a komponente kao što su žice i slušalice pretvaraju se u prepreke prirodnom kretanju.
Čak i najosnovniji hardver i softver virtualne stvarnosti naglašava još jedan nedostatak virtualne stvarnosti, odnosno cijenu. Svaki sustav koji pokušava pružiti impresivno iskustvo zahtijeva neku vrstu prikaza koji će pokušati prevariti ljudska osjetila. Ti su sustavi vrlo skupi i mogu biti problematični za korištenje, uglavnom zato što tako malo ljudi ima tehničko znanje za popravak ili održavanje. Osim toga, većina sustava virtualne stvarnosti nije lako zamjenjiva s različitim hardverom, što povećava cijenu i smanjuje dugoročnu vrijednost početnog ulaganja u takav sustav.
Društveno, neki od nedostataka korištenja virtualne stvarnosti kao zabave već su počeli isplivavati, čak i bez iskustva koje osobu u potpunosti udaljava od okolnih podražaja. Jedan od problema je socijalna izolacija, u kojoj se korisnik virtualne stvarnosti više oslanja na interakcije koje se odvijaju u virtualnom svijetu nego na iskustva u stvarnom svijetu. Ovaj nedostatak istinske, fizičke interakcije može stvoriti pogrešne asocijacije koje nisu dio stvarnih društvenih okruženja. Izolacija bi na kraju mogla uzrokovati depresiju, disasocijaciju i druga stanja, ako je dovoljno ozbiljna.
Još jedan od mogućih psiholoških i socijalnih nedostataka virtualne stvarnosti je desenzibilizacija. Ako bi neki korisnici intenzivno koristili virtualnu stvarnost za zabavu, tada bi mogli riskirati da ne prepoznaju stvarne posljedice za radnje u kojima sudjeluju ili gledaju. Kada se prevede u stvarni svijet, u ekstremnom slučaju, to bi moglo uzrokovati nedostatak razumijevanja učinaka nekih radnji kada se izvode izvan virtualnog okruženja.