Postoji nekoliko nedostataka energije vjetra koje treba uzeti u obzir pri razmatranju mogućnosti za proizvodnju energije. Važno je prepoznati da, iako postoje određeni problemi s korištenjem energije vjetra, to je još uvijek vrlo održiva i ekološki prihvatljiva metoda proizvodnje energije. Ako je izbor između energije vjetra i elektrane na fosilna goriva, energija vjetra je definitivno pravi put.
Jedan od nedostataka energije vjetra je to što ona nije oblik proizvodnje energije s nultom emisijom. Brojni se resursi koriste u izgradnji vjetroturbina i sustava distribucije energije, a dok proizvodnja energije vjetra ne stvara emisije, emisije su uključene u održavanje vjetroelektrana i druge rutinske zadatke koji okružuju vjetroelektrane. Međutim, emisije koje stvara energija vjetra svakako su minimalne u usporedbi s rutinskim emisijama nečega poput elektrane na ugljen.
Vjetroelektrane također mogu pojesti zemljište koje bi se moglo koristiti na druge načine, što je jedan od glavnih nedostataka energije vjetra. Neke su tvrtke počele rješavati to izgradnjom turbina koje se mogu koristiti na farmama iu naseljenim zajednicama. Starije turbine, međutim, zahtijevaju namjenski prostor i može biti potrebno puno prostora za smještaj dovoljno turbina za generiranje korisne količine energije. Vjetroturbine su također iznimno bučne, što često dovodi do pritužbi zajednice, a mogu ugroziti i ptice selice koje su navikle da imaju slobodne ruke u zraku.
Proizvodnja energije vjetra također je ograničena lokacijom. Područja s konstantnim jakim vjetrovima najbolja su za vjetroelektrane, a zemljište u tim područjima može biti skupo ili teško osigurati. Vjetroelektrane također moraju biti smještene razumno blizu područja gdje se energija koristi, kako bi se smanjili gubici u procesu prijenosa energije. Vjetroelektrane također ne moraju uvijek biti produktivne: prevladavajući vjetrovi mogu se, na primjer, prebaciti, čineći turbine beskorisnima, što je jedan od nedostataka energije vjetra u usporedbi s nečim poput hidroelektrane koja se oslanja na fiksni resurs.
Neki ljudi također misle da vjetroelektrane nedostaju u estetskom odjelu. Vjetroturbine nisu baš uzbudljive za gledanje, pogotovo u velikoj skupini, a lokalne zajednice se često protive izgradnji vjetroelektrana iz estetskih razloga. Elektroprivrede često moraju proći kroz složeni postupak zahtjeva za izdavanje dozvole za gradnju, što može dovesti do problema u planovima izgradnje.
Uz sve nedostatke vjetroelektrane u obzir, postoje neke jasne prednosti. Energija vjetra je besplatna, a korištenje energije vjetra nema isti utjecaj na okoliš kao korištenje hidroenergije, što uključuje brane ili druge promjene u prirodnom okolišu. Same turbine stvaraju nulte emisije dok su u radu, a emisije povezane s izgradnjom i održavanjem mogu se uvelike smanjiti izgradnjom i radom na ekološki osviješten način.