Odmjeravajući koristi u odnosu na rizik od zračenja mamografa, istraživači su otkrili da niske doze zračenja mogu biti prilično štetne za mlade žene koje imaju genetsku predispoziciju za rak dojke. Za ove žene stručnjaci preporučuju izbjegavanje zračenja mamografije i korištenje alternativnih metoda otkrivanja raka. U žena svih dobnih skupina, međutim, rizik od ponovljenih rendgenskih zraka također može uzrokovati razvoj raka u tkivu dojke, a neki stručnjaci vjeruju da može doprinijeti i razvoju srčanih bolesti. Za većinu žena stručnjaci se slažu da je periodična mamografija siguran postupak s vrlo malim rizicima.
Zračenje mamografa može uzrokovati nepovratna oštećenja specifičnih DNK stanica kao što su stanice tkiva dojke identificirane kao BRCA1 I BRCA2 stanice. Ove mutirane stanice ne oporavljaju se od oštećenja zračenja i stoga žene s tim mutacijama izlažu povećanom riziku od razvoja raka dojke. Liječnici vjeruju da žene s ovim mutacijama stanica dojke koje imaju 25 godina i manje imaju više koristi od pokušaja otkrivanja raka putem magnetske rezonancije (MRI) bez zračenja ili ultrazvučnih postupaka.
Neki stručnjaci navode da je količina izloženosti mamografskom zračenju vrlo niska. Drugi pak tvrde da razine zračenja na mamografu čak 150 puta premašuju količine zračenja primljene rutinskom rendgenskom snimkom prsnog koša. Uz svaku dojku koja prima najmanje dvije rendgenske snimke, ukupno četiri rendgenske snimke uobičajena su u većini mamografskih pregleda. Liječnici zabrinuti zbog ovih količina tvrde da ne postoji takva stvar kao što je sigurna razina zračenja i da čak i najniže doze predstavljaju mogućnost genskih mutacija, što može rezultirati razvojem kancerogenih stanica.
Osim nastanku raka dojke, neki stručnjaci smatraju da izlaganje zračenju može doprinijeti i nastanku raka u drugim dijelovima tijela, kao i nastanku srčanih bolesti. To je posebno zabrinjavajuće za mamografske pacijentice koje su također nedavno radile rendgenske snimke za druge preglede, uključujući stomatološke preglede i preglede prsnog koša. Za ove osobe, zračenje mamografa samo povećava ukupnu razinu izloženosti i može uzrokovati nepopravljivo oštećenje stanica.
Stručnjaci savjetuju ženama da razgovaraju o nedavnim susretima s zračenjem sa svojim liječnicima prije nego što pristanu na izlaganje zračenju mamografa. To može smanjiti rizik od oštećenja stanica. Dok mamografsko zračenje predstavlja ozbiljan rizik od raka za mlade žene s genetskom poviješću raka dojke, većina istraživanja zaključuje da je rizik za zdrave žene starije od 35 ili 40 godina minimalan, iako mogućnost oštećenja stanica uvijek prati izloženost zračenju čak i ako je male razine.