Dijelovi mikroskopa mogu varirati od mikroskopa do mikroskopa. Međutim, postoji nekoliko dijelova koji su zajednički svim mikroskopima. Za početak, mikroskopi zahtijevaju snažno svjetlo, posebno ono koje pojačava sliku pri najvećim snagama. Ponekad se mikroskopske svjetiljke koriste za postizanje cilja povećane svjetlosti, ponekad će jednostavno korištenje ogledala učiniti trik. Ako je ogledalo jedan od dijelova mikroskopa, onda ga upotrijebite za reflektiranje svjetlosti iz vanjskog izvora kroz dno pozornice.
Pozornica je ravna platforma koja drži tobogane na mjestu uz pomoć stezaljki za pozornicu. Ponekad će mikroskop imati mehaničku fazu. Ako je tako, pozornica će se podizati i spuštati okretanjem jednog gumba i pomicati lijevo ili desno pomoću drugog gumba. Korisno je pomicati pozornicu dok se uzorak ne nađe iznad svjetla ispod pozornice. Predmet koji će se pregledavati pod mikroskopom naziva se uzorak.
Obično postoji nekoliko objektivnih leća smještenih na rotirajućem nosnom dijelu. Okretni nosni nastavak jedan je od dijelova mikroskopa koji može držati dvije, tri, četiri ili više objektivnih leća – jednostavno ga okrenite da biste povećali ili smanjili snagu. Obično se uzorak pronađe uz najmanju snagu. Tako, na primjer, ako znanstvenik počne pronalaženjem uzorka s 4X povećanjem; zatim se snaga može postepeno povećavati na 10X, 40X ili 100X, prema potrebi. Osim toga, leća okulara – leća kroz koju znanstvenik gleda na vrhu mikroskopa – može imati 10X povećanje; posljedično, uzorak se tada može promatrati uz povećanje od 100X, 400X ili 1000X kada se kombinira snaga leće okulara i leće objektiva.
Neki od ostalih dijelova mikroskopa uključuju gumb za grubo podešavanje i gumb za fino podešavanje. Gumb za grubo podešavanje vrši velike prilagodbe kako bi uzorak bio u fokusu. Gumb za fino podešavanje čini male prilagodbe i trebao bi biti jedini gumb koji se koristi kada se koristi veće snage.
Ostali dijelovi mikroskopa su kondenzatorska leća i dijafragma ili šarenica. Kondenzatorska leća fokusira svjetlost na uzorak. Najbolje funkcionira ako se koristi pod većim snagama, kao što je 400X ili više, i učinit će sliku mnogo oštrijom. Dijafragma ili šarenica je rotirajuća platforma ispod pozornice. Ima nekoliko veličina rupa i propušta promjenjivu količinu svjetlosti do klizača – deblji uzorak treba više svjetla nego tanji uzorak.