Radi jednostavnosti, muški reproduktivni sustav može se podijeliti na unutarnje i vanjske dijelove. Izvana, sustav se sastoji od penisa i skrotuma. Unutar skrotuma nalaze se testisi, epididimis i van deferens. Ostali unutarnji dijelovi muškog reproduktivnog sustava uključuju prostatu, bulbouretralne žlijezde i uretru.
Penis je jedan od najprepoznatljivijih dijelova muškog reproduktivnog sustava, a ima dva osnovna dijela. Glans ili glava penisa je dio za koji se vjeruje da značajno doprinosi užitku seksualnog iskustva, a sadrži mokraćni kanal, otvor koji omogućuje mokraći i sjemenu da pobjegnu iz tijela. Drugi dio penisa je osovina, koja je cilindrični dio penisa koji se ukrućuje i produžuje tijekom seksualnog uzbuđenja.
Ispod penisa nalazi se struktura nalik vrećici koja se naziva skrotum. Sadrži dva dijela ovalnog oblika poznata kao testisi, koji su odgovorni za proizvodnju i skladištenje sperme i proizvodnju testosterona. U skrotumu se također nalaze epididimis i van deferens, koji djeluju kao cjevovodna mreža za muški reproduktivni sustav. Druga važna funkcija skrotuma je da, kroz širenje i kontrakciju, pomaže u regulaciji temperature testisa izlažući ih većoj ili manjoj tjelesnoj toplini.
Sjemenske mjehuriće se nalaze blizu baze mjehura. Ove male strukture nalik vrećama povezuju se s vans deferensima. Ove strukture proizvode većinu sjemene tekućine. Njegov doprinos je bogat fruktozom i tako spermiju osigurava gorivo koje mu je potrebno za pokretljivost.
Prostata je unutarnji dio muškog reproduktivnog sustava. Nalazi se ispod mokraćnog mjehura i igra ulogu u proizvodnji sjemena doprinoseći tekućinama koje hrane spermu. Uretra je prolaz koji nosi mokraću iz mokraćnog mjehura do mokraćnog kanala. Ovaj prolaz, koji putuje kroz prostatu, također nosi sjeme. Uretra je strukturirana tako da ne dopušta miješanje ili istovremeni transport sjemena i urina.
Sa strane uretre nalaze se bulbouretralne žlijezde, koje se ponekad nazivaju i Cowperove žlijezde. Ove strukture proizvode bistru tekućinu koja se često izlučuje iz penisa tijekom razdoblja kada je muškarac seksualno uzbuđen, ali koji prethodi svakoj ejakulaciji. Značajna je činjenica da se tekućina proizvodi prije ejakulacije, jer se vjeruje da je jedna od njezinih namjena služiti kao lubrikant. Dok se cijedi u uretru, također se vjeruje da neutralizira kiselost koja može proizaći iz urina.