Simptomi malapsorpcije javljaju se kada tjelesni gastrointestinalni sustav ne funkcionira normalno i ne uspije apsorbirati i iskoristiti hranjive tvari koje dobiva iz hrane. To se razlikuje od scenarija u kojima ljudi ne konzumiraju dovoljno nutritivne hrane, ali u većini slučajeva oni s malapsorpcijom jedu adekvatnu prehranu. Loša apsorpcija, koja može biti uzrokovana brojnim uvjetima, znači da tijelo ne koristi pravilno hranu koju prima. Manji simptomi, poput nekoliko dana proljeva neugodnog mirisa i slabosti, mogu pratiti kratkotrajni slučaj malapsorpcije. S druge strane, simptomi mogu postati vrlo ozbiljni ako je stanje kronično, s gotovo svim tjelesnim sustavima koji pate od nedostatka esencijalnih hranjivih tvari i vitamina.
Jedan od najistaknutijih simptoma malapsorpcije je promjena u izgledu stolice, a to je često prvi pokazatelj problema. Neki ljudi će imati česte vodenaste proljeve, a drugi imaju indikaciju viška masnoće u stolici, koja postaje svijetle boje i može se zalijepiti za WC školjku ili plutati na vrhu vode. Ekstremno glomazna stolica, kada se konzumiraju normalne količine hrane, također može značiti da tijelo troši, umjesto da koristi, prehranu koju prima. Promjene u izgledu stolice često su popraćene drugim crijevnim simptomima kao što su grčevi u trbuhu, plinovi i žgaravica.
Mnogi ljudi koji imaju privremene želučane smetnje, zbog želučane gripe ili blage bolesti uzrokovane hranom, mogu doživjeti nekoliko dana simptoma malapsorpcije. Ako stanje postane kronično, ovi rani simptomi imaju tendenciju pogoršanja i drugi znakovi loše apsorpcije nutritivne tvari postaju očiti. Oni s kroničnom malapsorpcijom mogu primijetiti stvari poput neobjašnjivog gubitka težine. Djeca mogu imati kašnjenja u rastu ili im se dijagnosticira neuspjeh u razvoju.
Specifičniji simptomi malapsorpcije mogu ovisiti o uzroku problema i hranjivim tvarima koje se ne apsorbiraju. Neki uzroci znače da gastrointestinalni sustav ne uspijeva apsorbirati neke hranjive tvari, ali prag apsorbira druge. Različita područja tijela koja ovise o specifičnim hranjivim tvarima mogu biti najviše pogođena kada je malapsorpcija ove vrste kronična. Nedostatak kalcija mogao bi utjecati na rast kostiju, gustoću i snagu; niske razine proteina stvaraju zadržavanje vode, a nedostatak željeza, folne kiseline ili vitamina B12 može uzrokovati različite oblike anemije koje rezultiraju osjećajem slabosti ili umora.
U mnogim slučajevima, simptomi malapsorpcije ukazuju na nedostatak višestrukih hranjivih tvari. Anemija, slabost kostiju i zadržavanje vode mogu biti prisutni zajedno. Ako se ovi simptomi nastave ignorirati, može se nakupiti oštećenje više tjelesnih sustava. U gorem slučaju, oni koji su kronično lišeni hranjivih tvari mogu razviti probleme s bubrezima ili čak zatajenje srca. Važno je dijagnosticirati uzrok i liječiti ga, ako je moguće. U isto vrijeme, oni koji su pogođeni malapsorpcijom zahtijevaju druge načine nutritivne potpore kako bi nadoknadili nedostajuće hranjive tvari.