Liječenje poremećaja mišićnog sustava ovisi o čimbenicima kao što su vrsta poremećaja, specifični simptomi prisutni i cjelokupno zdravlje pacijenta. Za liječenje ovih poremećaja često se koriste lijekovi koji se izdaju bez recepta i na recept. Fizikalna terapija, dodaci prehrani i tjelovježba također se obično koriste za liječenje poremećaja mišićnog sustava. Pomoćni uređaji kao što su hodalice, štapovi ili invalidska kolica ponekad mogu biti od pomoći onima s poremećajima koji utječu na mišiće. O svim specifičnim pitanjima ili nedoumicama u vezi s različitim vrstama mogućnosti liječenja ovih poremećaja treba razgovarati s liječnikom ili drugim medicinskim stručnjakom.
Lijekovi se često koriste kao prva linija liječenja kod osoba s poremećajima mišićnog sustava. Zapravo, ljudi koji imaju relativno blage simptome mogu se pokušati samoliječiti lijekovima bez recepta ili biljnim dodacima prije nego što se posavjetuju s liječnikom radi postavljanja dijagnoze. Nakon postavljanja dijagnoze, nadzorni liječnik može propisati jače lijekove protiv bolova ako pripravci bez recepta nisu pružili dovoljno ublažavanje boli. Dodatni lijekovi koji se mogu koristiti uključuju steroide, relaksante mišića i antikonvulzive.
Fizikalna terapija važan je dio mnogih programa liječenja za osobe s poremećajima mišićnog sustava. Terapeut može pomoći pacijentu u izvođenju sigurnih vježbi koje će održati mišiće aktivnim i spriječiti njihovo trošenje. Mnoge od ovih vježbi mogu se izvoditi kod kuće, iako je najbolje provjeriti s liječnikom prije početka bilo kakvog novog plana vježbanja. Vodeni aerobik se obično smatra najudobnijim i najkorisnijim oblikom vježbanja za one s oslabljenim mišićima.
Nutriciona terapija može se koristiti kao opcija liječenja nekih poremećaja. Mnogi pacijenti s problemima povezanim s mišićima pokazuju poboljšanje simptoma dodavanjem dodatnih proteina u prehranu. Oni s određenim zdravstvenim stanjima, kao što je bolest bubrega, možda neće moći sigurno dodati proteine u prehranu, pa se prvo treba konzultirati s liječnikom. Jednostavnim krvnim pretragama može se utvrditi jesu li prisutni neki specifični nutritivni nedostaci, a suplemente može preporučiti ili propisati liječnik.
Uređaji za potporu mobilnosti mogu pomoći pacijentima s oslabljenim poremećajima mišićnog sustava da ostanu barem djelomično neovisni dulje vrijeme. Dok neki ljudi možda trebaju koristiti ove uređaje samo povremeno, drugi će ih možda trebati trajnije. Liječnik može pomoći pojedinom pacijentu da odluči o najprikladnijoj kombinaciji metoda liječenja u specifičnoj situaciji.