Široki žanr pisanja misterija ima niz podžanrova koji imaju jedinstvena i neovisna obilježja. Svi žanrovi misterija u najmanju ruku dijele temeljno djelomično razumijevanje onoga što se događa u priči, tako da se potpuna priča mora otkriti tijekom knjige. Neki žanrovi misterija mogu se podijeliti prema vrsti problema, drugi prema okruženju, a treći prema osobama koje rješavaju problem. Postoje i određeni podžanrovi koji djeluju kombinirajući žanr misterija s drugim žanrom, kao što je romansa. Povremeno postoje knjige koje prkose žanru, ali nakon što postanu popularne i često ponavljane radnje, one nekada bezžanrovske knjige također postaju vlastiti žanrovi.
Jedan od najboljih načina za kategorizaciju žanrova misterija je prema vrsti detektiva koji rješava slučaj. Romani o privatnim istražiteljima, na primjer, popularni su podžanr misterija, kao i amaterski istražiteljski romani. Neki ljudi idu toliko daleko da kao aspekt žanra navode spol osobe koja rješava zločin. Na neki način, ove kategorije prirodno podrazumijevaju postavke, ali u serijama romana razrješavač zločina obično putuje naokolo kako bi pružio nove izazove.
Vrijeme i mjesto gdje se misterij događa također se može smatrati definitivnim za podžanr. Na primjer, povijesni romani misterija jedan su od popularnijih žanrova misterija. Ugodne misterije, koje su vrlo dobro definirana vrsta romana, definirane su i njihovom ženskom protagonisticom i okruženjem u malom gradu. Priče misterija koje se događaju u dalekoj budućnosti često imaju oblik znanstvenofantastičnih misterija, iako znanstvenofantastični elementi priče često zasjenjuju elemente misterija kada se definira žanr knjige.
Iako sve misteriozne priče ne uključuju zločin u smislu da je problem bio protivzakonito, većina uključuje neke vrste problema koji se rješavaju poput zločina. Na primjer, misterije o ubojstvima i priče o kaparima obično se smatraju žanrovima. U nekim slučajevima sam zločin možda nije protivzakonito, kao što je slučaj u mnogim dječjim misterijama koje uključuju zločine na razini djece. Posuđena igračka ili izgubljeni pas mogu biti zločin u dječjoj misteriji, ali dječji detektivi u romanima jednako često rješavaju velike zločine koji zbunjuju lokalne službenike.
Konačno, mnogi žanrovi misterija podijeljeni su u smislu stila u kojem je priča ispričana. Tvrdo kuhani detektivski romani, koji se obično smatraju noir pričama, ispričani su na sasvim drugačiji način od povijesnih ljubavnih misterija. Različite kulture također imaju različite konvencije za misteriozne romane, pri čemu su engleski i japanski žanrovi misterija donekle različiti. U mnogim slučajevima, misterijska priča prelazi mnoge žanrove i moraju se izmisliti novi pojmovi kako bi se nosile s pričama koje prkose žanru.