Iako je plijesan prirodna gljiva, postoji nekoliko zdravstvenih rizika od crne plijesni koji variraju po ozbiljnosti. U dijelu svjetske populacije crna plijesan može izazvati alergijsku reakciju. Ova reakcija može biti neznatna kao svrbež, suzenje očiju ili opasna poput nemogućnosti disanja. Postoje i drugi zdravstveni rizici od crne plijesni, uključujući gljivičnu infekciju pluća ili kože i toksičnost mikotoksina.
Crna plijesan se smatra alergenom. Za one koji su osjetljivi na nju, crna plijesan može uzrokovati prenaprezanje imunološkog sustava, uzrokujući alergijsku reakciju. Simptomi alergije na crnu plijesan uključuju svrbež očiju, kihanje, grebanje u grlu i koprivnjaču. U teškim slučajevima, crna plijesan može uzrokovati zatvaranje dišnih putova onih koji su alergični na nju, što zahtijeva liječničku intervenciju kako bi se smanjila oteklina i reguliralo disanje. Kod nekih oboljelih od astme crna plijesan ponekad može izazvati napad astme. Antihistaminici, inhalatori i epinefrin mogu se koristiti za sprječavanje, kontrolu i liječenje ovih vrsta zdravstvenih rizika od crne plijesni.
U nekim slučajevima, crna plijesan može uzrokovati infekciju u plućima ili koži ako se spore plijesni udahnu. Kako je crna plijesan gljivica, određene vrste mogu uzrokovati infekciju kod nekih ljudi, osobito onih s imunološkim poremećajima. Najčešći tip infekcije poznat je kao aspergiloza; njegovo ime potječe od naziva plijesni koja ga uzrokuje: aspergillus. Simptomi gljivične infekcije u plućima uključuju jake bolove u prsima i piskanje. Ako se ne liječi, infekcija se može proširiti na kožu, mozak, srce i bubrege i može zahtijevati hospitalizaciju. Ako se uhvati dovoljno rano, infekcija se može liječiti oralnim lijekovima.
Jedan od najozbiljnijih zdravstvenih rizika crne plijesni je toksičnost mikotoksina. Crna plijesan, u određenim fazama rasta, emanira toksin poznat kao mikotoksin. Stvarni razvoj toksičnosti mikotoksina je, međutim, rijedak. U većini slučajeva, čak i najgori slučajevi plijesni u kućanstvu neće uzrokovati ovaj problem. Moraju biti prisutne pretjerano velike količine crne plijesni, a osoba joj treba biti izložena mjesecima, ako ne i godinama, kako bi se ovaj zdravstveni problem razvio. Ako se toksičnost mikotoksina ipak razvije, to je jedan od najopasnijih zdravstvenih rizika od crne plijesni. Češće se očekuje neki oblik neuralnog oštećenja; ako se ne liječi na vrijeme, može biti smrtonosno.
Za većinu ljudi izloženost crnoj plijesni nije ništa drugo nego iritantna. Međutim, ova gljiva može biti otrovna, a izloženost crnoj plijesni treba ograničiti ili izbjegavati sve zajedno. U domu, osobito ako su prisutna mala djeca, crnu plijesan treba ukloniti što je prije moguće, a ako postoji veća količina plijesni, kontaktirati stručnjaka za upute ili usluge uklanjanja.