Imunizacije su povezane s određenim dobro poznatim rizicima. Međutim, često su povezani s rizicima koji nisu dokazani, kao što je moguća povezanost autizma i imunizacije. Mnogi ljudi odlučuju ne imunizirati svoju djecu jer vjeruju da stvaraju više rizika za svoju djecu nego što bi zarazili bolesti. To ne potvrđuju statistički dokazi, niti je to pozicija najpriznatijih medicinskih organizacija na svijetu, poput Američke liječničke udruge (AMA) ili Svjetske zdravstvene organizacije (WHO).
Prepoznatljivi rizici kod cijepljenja su komplikacije od cijepljenja, alergijska reakcija na cijepljenje ili izloženost timerosalu koji sadrži živu. Rizici koji nisu povezani s imunizacijama uključuju povećane stope autizma ili smanjeni kapacitet imunološkog sustava.
Najčešće reakcije povezane s cijepljenjem su groznica, bol pri pogledu na injekciju, a povremeno i osip. Groznica je najčešće jedan od rizika povezanih s cjepivom protiv ospica/zaušnjaka/rubeole (MMR) i cjepivom protiv difterije/tetanusa/pertusisa (DTP).
Smatralo se da živo cijepljenje protiv dječje paralize može uzrokovati dječju paralizu kod neke djece, a oni koji se brinu o maloj djeci s oslabljenim imunitetom bili su pod manjim rizikom od zaraze bolesti iz dječjeg izmeta ili tjelesnih tekućina. Sada se djeci obično daju najprije mrtvo cjepivo protiv dječje paralize prije nego što se daju žive kapi cjepiva protiv dječje paralize kako bi se smanjio rizik od zaraze bolesti.
Cijepljenje protiv vodenih kozica također je povezano s povremenim slučajevima vodenih kozica ili s nedostatkom potpunog imuniteta od vodenih kozica. Međutim, može se ustvrditi da je rizik od dobivanja vodenih kozica od cjepiva mali. Ako dijete dobije vodene kozice od cjepiva, obično je to prilično blaga verzija. Nadalje, djeca bez potpunog imuniteta često imaju vrlo blagu verziju vodenih kozica ako se kasnije zaraze.
Najveći rizici povezani s cijepljenjem protiv meningitisa koji se sada preporučuje za djecu u dobi od 11 ili 12 godina je bol od cjepiva i bol na mjestu cjepiva nekoliko dana do tjedana nakon toga. To daleko nadmašuje rizike povezane s oboljevanjem od meningitisa, koji može brzo uzrokovati smrt.
Neka cijepljenja mogu uzrokovati komplikacije. Na primjer, cjepivo protiv gripe može, iako rijetko, uzrokovati paralizu lica, nazvanu Bellova paraliza. Drugi su zabrinuti zbog davanja cjepiva protiv gripe djeci jer mnoge verzije sadrže timerosal. Zapravo, zabrinutost zbog ovog sredstva koje sadrži živu, a koji se koristi za zaštitu integriteta cjepiva, dovela je do toga da se većina dječjih cjepiva proizvodi bez timerosala.
Sada postoje tvrtke koje proizvode cjepivo protiv gripe bez timerosala za one roditelje koji smatraju da rizici povezani s izloženošću timerosalu nadmašuju prednosti zaštite od gripe. Do sada nije utvrđena niti dokazana veza između timerosala i autizma. Zapravo, u mnogim slučajevima, statističke studije pokazuju da se autizam razvija tamo gdje nije dano cjepivo s timerosalom.
Najopasniji rizici povezani s cijepljenjem su rijetke alergijske reakcije ili napadaji koji su posljedica cjepiva. Ako je vaše dijete imalo neželjenu reakciju na određenu imunizaciju u prošlosti, važno je obavijestiti liječnika prije nego što dijete primi druge imunizacije. Opet, međutim, koristi su veće od rizika. Daleko više djece pati od nuspojava zbog zaraze bolesti jer nisu imunizirane, nego od alergijske reakcije na injekciju.