Postoji niz rizika korištenja antibiotika koje treba odvagnuti kada se odlučuje o korištenju antibiotika. Povijesno gledano, prekomjerno propisivanje antibiotika bilo je značajan problem, dijelom zbog pritiska pacijenata, a liječnici trenutno preispituju način na koji se ti lijekovi propisuju i koriste. Pacijenti koji se educiraju o rizicima uzimanja antibiotika mogu donijeti informiranije odluke o lijekovima koje uzimaju.
Jedan od najvećih rizika je rizik za zajednicu, rizik od povećane rezistencije na antibiotike. Što se češće propisuju antibiotici, veća je vjerojatnost da će organizam razviti otpornost. Osobe s oslabljenim imunološkim sustavom izložene su ozbiljnom riziku ako se zaraze organizmima otpornim na lijekove, a inače zdravi pojedinci mogu umrijeti ili doživjeti ozbiljne medicinske komplikacije s rezistentnom infekcijom. Za dobrobit zajednice u cjelini, mnoga medicinska tijela savjetuju ograničavanje upotrebe antibiotika.
Kod pojedinaca, još jedan od rizika korištenja antibiotika je to što se ti lijekovi često propisuju za stanja koja ne mogu liječiti. Infekcije uha, kašalj i prehlade često uzrokuju virusi, a ne bakterije. Ova stanja prolaze sami od sebe bez liječenja. Propisivanje antibiotika u tim slučajevima nije potrebno i pacijente izlaže rizicima nuspojava antibiotika.
Nuspojave antibiotika uključuju teške alergijske reakcije, proljev, mučninu, povraćanje i osip. Antibiotici ubijaju dobre bakterije zajedno s lošim i poremete ravnotežu crijevne flore, pridonoseći gastrointestinalnim tegobama. Ostali rizici uporabe antibiotika uključuju štetne interakcije lijekova. Antibiotici mogu reagirati s brojnim lijekovima od hormonske kontracepcije do razrjeđivača krvi, uzrokujući potencijalno ozbiljne medicinske komplikacije.
Rizici uporabe antibiotika uključuju ranjivost na oportunističke infekcije kod ljudi koji uzimaju antibiotike i oslabljen imunološki odgovor kod ljudi koji su tijekom života intenzivno koristili ove lijekove. Neka istraživanja o virusu humane imunodeficijencije (HIV) sugeriraju da su osobe s oslabljenim imunološkim sustavom izložene povećanom riziku od zaraze HIV-om i da je veća vjerojatnost da će razviti visoko virusno opterećenje koje će napredovati do potpunog sindroma stečene imunodeficijencije ( AIDS).
Kada se propisuju antibiotici, preporuča se pitati liječnika zašto se ti lijekovi propisuju, kako ih treba koristiti i postoje li dostupni alternativni načini liječenja. Pacijenti će možda htjeti pitati hoće li se infekcija sama povući bez terapije antibiotikom. Također bi trebali pitati kako odgovorno zbrinuti ostatke lijekova.