Iako je to relativno rijetko, neki ljudi su alergični na rajčice i mogu doživjeti niz neugodnih simptoma kada ih jedu, osobito ako su sirove. Simptomi se obično pojavljuju u početku u i oko usta, pri čemu usne, jezik i grlo prvo svrbe, a zatim često oteknu. Neki ljudi također mogu razviti koprivnjaču ili osip koji svrbi na drugim dijelovima kože. Gastrointestinalni simptomi su također česti, uključujući mučninu, povraćanje i proljev. Teža, sustavna reakcija može uzrokovati poteškoće s disanjem, nesvjesticu, pa čak i anafilaktički šok ili smrt.
Prvo mjesto na kojem se često pojavljuju simptomi alergije na rajčicu je prvo izloženo područje: usta. Često će alergičar početi osjećati svrbež na i oko usana, na jeziku, pa čak i u grlu ubrzo nakon jela. To je često praćeno oteklinama na istim područjima. Oticanje grla može biti posebno problematično, jer može otežati disanje.
Alergija na rajčicu također može uzrokovati reakciju na koži drugdje po tijelu. Neki ljudi razviju koprivnjaču koja svrbež koja se može pojaviti na dio ili na cijeloj njihovoj koži. Mogu dobiti i osip, koji može biti uporan ako ne izuzmu rajčice iz prehrane.
Tijekom napadaja alergije, tijelo se može pokušati riješiti alergena gastrointestinalnom reakcijom. Alergična osoba može osjetiti mučninu i početi povraćati kako bi izvadila rajčicu. On ili ona također mogu imati proljev kao dio tjelesnog odgovora.
U nekim slučajevima, alergija na rajčice može biti teška i dovesti do ozbiljnih simptoma. Također je prilično uobičajeno da alergijska reakcija počinje prilično blaga i progresivno se pogoršava sa svakom sljedećom epizodom. Oni koji imaju tešku alergiju na rajčicu mogu hripati i teško hvatati dah. To može dovesti do gubitka krvnog tlaka, što može uzrokovati vrtoglavicu i nesvjesticu. Ako on ili ona ne dobiju liječničku pomoć brzo, reakcija može na kraju dovesti do anafilaktičkog šoka, zatajenja srca ili dišnog sustava, pa čak i smrti.
Osobe s alergijama na rajčicu također bi mogle biti oprezne kada jedu biljke iz iste obitelji. Dvije blisko povezane namirnice koje obično izazivaju simptome kod osoba s alergijom na rajčicu su krumpir i patlidžan. Duhan je također usko povezan s rajčicom, pa pušenje također ponekad može dovesti do alergijske reakcije.